De komst van Jongepier bleek een zegen voor Leeuwarden en Friesland te zijn. Hij heeft in verschillende opzichten de orgelcultuur in Friesland een geweldige push gegeven: qua concerten, orgelrestauraties, excursies en publicaties is door zijn werk het Friese orgellandschap op de kaart gezet.

In tal van artikelen in diverse dagbladen en tijdschriften is een levensbeschrijving van Jan Jongepier gegeven. We gaan niet al zijn prestaties en verdiensten herhalen. We houden het hier beknopt. Jan Jongepier werd op 26 februari 1941 te Zaandam geboren. In 1957 werd hij benoemd tot organist van de Grote Kerk in Purmerend. Tot 1971 bespeelde Jan er het imposante Garrelsorgel (uit 1742). Overigens is hier sprake van wat Jan Jongepier een ‘groeiorgel’ noemde: het bevat ouder materiaal en in de 19e en 20e eeuw onderging het enkele wijzigingen. De Grote Kerk werd in 1854 op dezelfde plaats van een vorige kerk gebouwd. Hierin kreeg het Garrelsorgel opnieuw een plaats. In 1971 verliet de hervormde gemeente de Grote Kerk en in 1976 werd het Garrelsorgel gedemonteerd en bij orgelbouwer Flentrop (Zaandam) opgeslagen. In 2000 is een CD uitgebracht met opnamen uit die tijd van Jan op het Garrelsorgel (VLS SRGP01). In 1998-1999 werd de kerk, overgegaan in rooms-katholieke handen, grondig gerestaureerd.

In 1996 is de Stichting Restauratie Garrelsorgel Purmerend opgericht. Jan Jongepier wordt daarbij als adviseur aangetrokken. In 2003 kan een grote restauratie van het orgel door Flentrop Orgelbouw worden afgerond. Van het gerestaureerde en teruggeplaatste orgel, weer bespeeld door Jan Jongepier, is in 2006 de CD ‘Bach in Purmerend’ uitgebracht (door de Stichting Garrelsorgel Purmerend). Vanwege de situatie in Purmerend en het feit dat hij inmiddels aan het Leeuwarder conservatorium werkte, maakte Jan Jongepier in 1981 de overstap naar de Grote of Jacobijnerkerk in Leeuwarden. Toen in 1994 de Stichting Organum Frisicum werd opgericht werd hij naast Theo Jellema gevraagd adviseur en excursieleider te worden. Daarmee had de stichting een ‘gouden duo’ binnengehaald. Theo Jellema leidde de eerste orgelexcursie van Organum Frisicum in het voorjaar van 1995 te Mantgum en omgeving. In het najaar van dat jaar leidde Jan Jongepier de orgelexcursie in Metslawier en omgeving. Van zijn rol als excursieleider herinneren we ons allemaal niet alleen zijn orgelspel en dan met name zijn improvisaties, maar vooral zijn ‘smeuïge’ inleidingen waarbij hij met groot gemak en in begrijpelijke taal putte uit zijn encyclopedische kennis van orgels, zowel in als buiten Fryslân.

Dankzij die kennis kon hij in 2004 ook het jubileumboek van de stichting ‘Vijf eeuwen Friese Orgelbouw’ schrijven. In 2006 stopte Jan Jongepier wegens het bereiken van de 65-jarige leeftijd als organist in Leeuwarden. Theo Jellema, tot dan toe als organist werkzaam in Franeker, werd tot zijn opvolger benoemd. Geleidelijk wilde Jan Jongepier een aantal van zijn werkzaamheden afbouwen om zich vooral op zijn publicitaire werk te kunnen concentreren. In verband daarmee raadde hij het bestuur van de Stichting Organum Frisicum aan Broer de Witte aan te trekken als nieuwe excursieleider. In 2008 leidde Jan Jongepier voor het laatst een orgelexcursie van de Stichting Organum Frisicum.

Daarna liet zijn gezondheid dat helaas niet meer toe. In de zomer van 2010 voelde hij zich weer fitter en bood aan de inleidingen in Jistrum en Burgum tijdens de orgelexcursie in Tytsjerksteradiel (2011) te verzorgen. Het heeft niet zo mogen zijn. Enige tijd later verslechterde zijn gezondheidstoestand opnieuw en vervolgens werd de fatale ziekte van Kahler, een vorm van beenmergkanker, bij hem geconstateerd. Op zondag 31 juli 2011 overleed hij, nog voordat de orgelexcursie naar Tytsjerksteradiel had plaatsgevonden.