Waar en wanneer Buxtehude geboren is, is niet zeker. Vermoedelijk in 1637 te Helsingborg. Helsingborg ligt in de Zweedse provincie Skane – destijds Deens grondgebied - aan de Oresunt tegenover Helsingør. Hemelsbreed is de afstand tussen beide plaatsen nog geen 10 km. De oversteek, sneller en comfortabeler dan in de 17e eeuw, wordt tegenwoordig door veel Zweden gemaakt teneinde in het Deense Helsingør sterke drank in te slaan. Vader Johannes Buxtehude kwam uit Oldeslö, halverwege Hamburg en Lübeck, belangrijk als overslagplaats voor de handel tussen beide steden. In 1641 is hij organist aan de Mariakerk in Helsingborg. In 1633 vertrok de organist van Helsingborg naar Kopenhagen, misschien kwam Johannes toen naar Helsingborg. In Helsingør wordt hij voor het eerst in januari 1645 genoemd, als zoon Peter gedoopt wordt. Hij is dan organist aan de St. Olai aldaar, de parochiekerk voor de Deense bevolking. Dieterich Buxtehude sprak en schreef Duits, Deens en Latijn. Hij zal dus leerling van de Latijnse school in het vroegere Mariaklooster geweest zijn. Deze school leverde de koorzangers voor de parochiekerk (dat was de St. Olai). De inventaris van de muziekbibliotheek is nog bekend; juist toen Buxtehude de school bezocht werd er veel nieuwe muziek gekocht. De eerste instrumentale lessen zal Dieterich van zijn vader hebben gehad. Als verdere orgelleraren komen in aanmerking Johann Lorenz Jr. in Kopenhagen (deze had in Italië en in Hamburg gestudeerd, mogelijk bij Jacob Praetorius, zijn latere schoonvader), Franz Tunder (Buxtehudes eigen toekomstige schoonvader en voorganger in Lübeck) en Heinrich Scheidemann in Hamburg. In 1657 of '58 wordt Dieterich organist aan de Mariakerk in Helsingborg. Het was een moeilijke tijd voor de stad, er was oorlog tussen Zweden en Denemarken. Beide landen wilden de controle over de Oostzee. Bij de vrede van Roskilde in 1658 komt Skane aan Zweden. In oktober 1660 wordt de jonge organist benoemd aan de Mariakerk in Helsingør. Zijn salaris beloopt het drievoudige van dat in Helsingborg en is bovendien aanzienlijk meer dan dat van zijn vader in de St. Olai. Dit heeft vermoedelijk te maken gehad met het feit, dat de Mariakerk – de zgn. Duitse kerk voor het garnizoen in de Kronborg en het niet-Deense deel van de bevolking – financieel direct onder de koning stond. Helsingør had nogal geleden in de oorlog, doordat de Kronborg – strategisch gelegen aan de zee – een belangrijk doelwit voor beide partijen was.

In de Mariakerk in had Joh. Lorenz senior in 1636 een nieuw orgel geleverd, dat in 1662 door Gottfried Fritzsche werd omgebouwd. Enige malen werd achter het steeds gehandhaafde front een nieuw orgel gebouwd, in 1854 door Marcussen, in 1960 door Frobenius. In 1997 werd het orgel van Lorenz/Fritzsche (HW, RP, Ped.) gereconstrueerd door Marcussen en daarbij met een Borstwerk in passende stijl uitgebreid. Op 5 november 1667 overlijdt Franz Tunder, organist van de Marienkirche in Lübeck. In maart 1668 weet Buxtehude dat hij benoemd is als opvolger. De in 1159 gestichte stad heeft dan 27.000 inwoners. Lang was Lübeck "koningin van de Hanze", maar die glorietijd is voorbij. Rond 1250 heeft Lübeck een stadhuis en 5 grote kerken. Na twee grote branden werden deze in baksteen herbouwd. In de 30-jarige oorlog was de stad voor strijd bewaard, maar de economie had zwaar geleden, doordat de stad grote schulden kreeg ten gevolge van de herbouw van haar versterkingen. Bovendien was de neutraliteit gekocht met financiële bijdragen aan de strijdende partijen. De raad der stad, bestaande uit patriciërs en grote kooplui, had in 1661 nieuwe belastingen opgelegd, waartegen veel verzet was. In 1669 komen er nieuwe wetten, waardoor ook de lagere klassen enige invloed krijgen. In dat jaar is de laatste grote vergadering van de Hanze. Lübeck is een bolwerk van de Lutherse orthodoxie, Calvinisten krijgen pas in 1811, Joden pas in 1848 burgerrechten. Buxtehude trouwt met Anna Margaretha Tunder. Eén van haar zusters was getrouwd met Samuel Franck, de cantor van de kerk. Het echtpaar krijgt 7 dochters, waarvan slechts 3 hun vader overleven. Omdat de organist tegelijk Werckmeister (= administrateur) van de kerk was, woonden ze in het Werkhaus aan de zuidkant van de kerk. Buxtehude had de meest prestigieuze en bestbetaalde functie in het plaatselijk muziekleven. De 7 raadsmuzikanten met 2 veldtrompettisten, een Ratspfeiffer en een raadstrommelslager vormden de elite onder de Lübecker musici. Zij kregen naast hun stedelijk salaris ook nog een traktement van de kerk om cantor en organist te ondersteunen bij de muziek in de kerk. Peter Bruhns, oom van Nicolaus Bruhns, was net als eerder zijn vader Paul, één van de violisten.

Alle musici bespeelden meerder instrumenten, sommige waren ook excellente zangers. Soms werden er zangers van elders gehuurd. In totaal had de kerk 14 musici op de loonlijst, waaronder de organist, de cantor en de scholier die continuo speelde op het positief op de koorgalerij. Het koor, bestaande uit scholieren van de Katharinaschool, was verantwoordelijk voor de vaste onderdelen van de liturgie. Het koor zong op gewone zondagen vaak eenstemmig, op feestdagen polyfoon. Verder zong het op de feestdagen een motet aan het begin van de vespers en de tutti's in grote, meer concerterende werken. Buxtehude bespeelde tijdens de diensten niet alleen het orgel, hij voerde ook vocale en instrumentale muziek uit (vanaf de orgelgalerij), b.v. tijdens de communie. Sommigen menen dat er een verdeling moet worden gemaakt in de meer traditionele Kantorenmusik en de meer artistieke en modernere Organistenmusik, waarbij cantor en organist elkaars concurrenten waren. In de Marienkirche schijnt juist een hartelijke samenwerking te hebben bestaan, waarbij de musici voor de preek op het orgel waren en daarna op de koorgalerij of omgekeerd. Het is onduidelijk, wat nu precies de plichten van de organist waren. Hij speelde tamelijk lange voorspelen voor de gemeentezang, soms zal hij de gemeentezang afgewisseld hebben met enkele orgelverzen. Incidenteel begeleidde hij de gemeentezang (bij 'Herr Gott dich loben wir', het Duitse Te Deum en bij 'O adoranda Trinitas' op de zondagen na Trinitatis), regel werd dat pas in het midden van de 18e eeuw. Hij zal dikwijls continuo gespeeld hebben bij de uitvoeringen die hij leidde (behalve als hij moest dirigeren). De beide zondagsdiensten en de verspers op de zon- en feestdagen behoorden tot zijn plichten, rouw- en trouwdiensten werden privé met de familie geregeld. Ook klein onderhoud van de orgels behoorde tot zijn werk. Opvallend is dat in december 1701 besloten wordt borden in de kerk te hangen met de nummers van de te zingen liederen, aan de voorspelen konden de meeste kerkgangers niet horen welk lied er kwam. Na de dienst werd er een Postludium gespeeld, we weten niet of dat literatuurspel of improvisatie was. Buxtehude reisde weinig, maar hij had veel contacten met de meest vooraanstaande musici in Hamburg. Dit blijkt uit het schilderij - voorstellende een musicerend gezelschap - van Johannes Voorhout uit 1674, dat in het museum voor Hamburgse geschiedenis hangt. Hierop zijn afgebeeld o.a. Reinken, Buxtehude en de gambist Johann Theile. Verder correspondeerde hij o.a. met de organist en stemmingenspecialist Andreas Werckmeister. Tunder had regelmatig concerten gegeven, Buxtehude organiseerde de Abendmusiken op 5 aaneensluitende zondagen aan het eind van het kerkelijk jaar en het begin van de Advent, van 4 tot 5 uur, na de middagdienst. M.a.w. hij zocht sponsors, zorgde voor het drukken van tekstboekjes, zocht de musici en zangers bijeen, organiseerde en leidde de repetities en uitvoeringen en componeerde een deel van de uit te voeren werken (of alle ?) . Waarschijnlijk speelde Buxtehude kamermuziek met de andere musici ten huize van de voorname burgerij, hij zal ook gespeeld hebben bij huwelijken en wellicht tijdens diners. In het boek van Werckmeister werd nog een gedicht van Buxtehude afgedrukt, ook dat is volop van toepassing op de grootmeester die we in 2007 herdenken:
Wer ein Kunst-Werck recht betrachtet,
Es nicht unerkannt verachtet, . . . . . . . . . . .
Kommt es denn auch auf die Proben,
Musz das Werck den Meister loben.

We weten niet waarom Buxtehude zijn orgelwerken schreef en voor welke orgels. Wij weten niet of ze wel ooit in een kerk – al of niet tijdens of na een dienst of bij een concert – zijn gespeeld. We weten wel waar hij organist is geweest, we weten ook het één en ander over de orgels in die kerken, maar er zijn drie problemen: Het eerste probleem vormt de manuaal- en pedaalomvang. Buxtehude is bij het componeren uitgegaan van de in zijn tijd gebruikelijke omvang, in het manuaal CDEDGA-c3 (in het onderste octaaf ontbreken Cis, Es, Fis en Gis), in het pedaal CDEF-d1 (in het onderste octaaf ontbreken Cis en Es). In Lübeck was deze omvang beschikbaar in de Jacobi- en in de Petrikirche. Eén keer komt in een koraalbewerking de Es in het pedaal voor (in "Erhalt uns Herr", is dit stuk door Joh. Gottfr. Walther – een belangrijke bron voor de koraalbewerkingen van Buxtehude – naar g getransponeerd, de toonsoort waarin hij zelf een trio over dezelfde melodie schreef,?), enkele problematische noten in manualiter koraalbewerkingen wijzen op een uitvoering op klavecimbel of clavichord. De Marienkirche had in de tijd van Buxtehude twee grote orgels, elk met 3 manualen en een rijk gedisponeerd pedaal. Het hoofdorgel aan het westeinde van de kerk werd in de 19e eeuw vervangen door nieuwbouw, het Totentanzorgel in de noordelijke zijbeuk werd vernietigd bij het bombardement op Lübeck in 1942. Op dezelfde plaatsen in de herbouwde Marienkirche staan nu twee nieuwe instrumenten. Slechts het kleine orgel in de Jacobikirche heeft na de laatste restauratie een klankbeeld als in de tijd van Buxtehude. Nadat de orgels in de Marienkirche door Friederich Stellwagen verbouwd waren, het hoofdorgel met vermoedelijk 66 registers in 1637, het Totentanzorgel met 38 of 39 registers in 1653-'55, hadden die de omvang CDEFGA-c3 in het manuaal en CDEFGA-d1 in het pedaal. Bij het Hoofdwerk was de omvang zelfs nog kleiner, nl. DEFGA-g2,a2.

In Helsingborg, waar Buxtehude zijn carrière begon, was de manuaalomvang CDEFGA-g2,a2, de pedaalomvang CDEFGA-a. Volgens het Festschrift dat na de reconstructie (en uitbreiding in stijl) van het orgel in de Mariakerk te Helsingør door Marcussen in 1997 verscheen, hadden beide manualen en pedaal bij Lorentz dezelfde omvang als bij het Totentanzorgel. Fritsche bracht Fis en Gis in het pedaal aan, maar daarvoor werd de d1 opgeofferd. In Buxtehude's pedaalpartijen komen Fis en Gis (in het onderste octaaf!) en d1 zeer vaak voor! De meeste moderne edities suggereren door een notatie op 3 notenbalken meer pedaalgebruik dan Buxtehude mogelijk bedoeld heeft. Het probleem van de ontbrekende tonen wordt echter niet opgelost door meer manualiterspel. Conclusie: De meeste orgelwerken van Buxtehude konden niet worden gespeeld op de orgels, waar hijzelf organist was. Een ander probleem vormt de stemming van de orgels die Buxtehude bespeelde. In de middentoonstemming zoals we die in Dronrijp kunnen beluisteren, klinken de boventoetsen als cis, es, fis, gis en bes. De es kun je niet als dis gebruiken, enz. Dat betekent buitengewoon fraaie grote drieklanken op c, d, e, f, g,a, bes en es en gebruik van toonsoorten t/m 2 mollen en 3 kruisen. Sweelinck speelde in die stemming. In 1641 wordt het door de gebroeders Sieburg gebouwde orgel in de Liebfrauenkirche in Bremen gekeurd door Heinrich Scheidemann en Jacob Praetorius. Zij beschrijven een enigszins gemodificeerde midentoonstemming, waarbij de es zover verhoogd wordt, dat hij als dis gebruikt kan worden. (Scheidemann en Tunder gebruiken cis, dis en es, fis, gis en bes). Een dergelijke stemming kunt U beluisteren in o.a. Norden en Marienhafe. Scheidemann verrichtte na de verbouwing door Stellwagen de eindkeuring in de Marienkirche. Van 1644-'47 werkte Stellwagen aan het orgel van de Katharinenkirche in Hamburg, waar Scheidemann organist was.

Het lijkt wel zeer aannemelijk dat de orgels in de Hamburger Katharinenkirche en de Lübecker Marienkirche de door Scheidemann en Praetorius beschreven gemodificeerde middentoonstemming hadden. De organisten leerden het pedaalspel op een clavichord of klavecimbel met pedaal. Buxtehude had uiteraard zulke snaarinstrumenten. Klavecimbel en clavichord stemde je zelf. Het aanbrengen van een modernere stemming, waardoor je in toonsoorten met meer voortekens kunt spelen, is dan heel eenvoudig. Verschillende vooraanstaande organisten en muziekhistorici menen dat er in de kerk alleen geïmproviseerd werd en dat de grote werken bedoeld waren als improvisatiemodel en studiemateriaal. Ze zouden dan alleen op de huiselijke studie-instrumenten zijn gespeeld. Dit zou een verklaring kunnen zijn voor het feit, dat in vele werken de grenzen van de middentoonstemming ver zijn overschreden. Schrijver dezes heeft de klavecimbelwerken van Buxtehude bekeken op toonsoorten en gebruik van de boventoetsen. Kerala Snyder beweert in haar Buxtehude-biografie dat alle klavecimbelwerken in middentoonstemming kunnen worden gespeeld. Dat is niet geheel juist, maar in tegenstelling tot wat je zou verwachten is de toonsoortkeuze en het akkoordgebruik in die klavecimbelwerken aanzienlijk minder progressief dan in de orgelwerken. Cis/Des en Es/Dis komen in het onderste octaaf niet voor. Fis en Gis komen minder dan 10 keer voor en worden niet als Ges of As gebruikt. Ais en Bes komen eveneens minder dan 10 keer voor en dan niet in hetzelfde stuk. In de hogere octaven komen des en ges niet voor, as zelden (en dan alleen als korte noot en op een licht maatdeel, waarbij het niet uitmaakt of je eigenlijk een gis hoort.). Mogelijk had Buxtehude een klavecimbel in middentoonstemming met dubbele boventoetsen voor es/dis en bes/ais. Een andere mogelijkheid is dat zijn snaarinstrumenten een gemodificeerde middentoonstemming of een stemming naar Andreas Werckmeister hadden. Omdat het eigenlijk niet voorkomt, dat een boventoets in een stuk een dubbele functie heeft, is het bovendien mogelijk voor het spelen van een bepaald stuk een snaar om te stemmen. Bij het spelen van kamermuziek neemt dat niet meer tijd dan het tussendoor stemmen van een strijker. Volledigheidshalve moet worden opgemerkt, dat tussentijds omstemmen bij een clavichord vaak niet mogelijk is. Dat waren nl. meestal gebonden instrumenten, waarbij c en cis, e en es, f en fis, g en gis, b en bes gebruik maakten van dezelfde snaren. De manualiter te spelen Canzona's – lesmateriaal voor orgelleerlingen – bevestigen het beeld van de klavecimbelwerken, Fis en Gis komen in het onderste octaaf zelden voor, de ene Es is waarschijnlijk een "Oktavversehen" (hij kan in elk geval een octaaf hoger worden gespeeld). Slechts die ene Canzona in e kan niet in middentoonstemming worden gespeeld, bij die in Bes is het enigszins twijfelachtig. Buxtehude was geweldig onder de indruk van de orgels van Arp Schnitger (van Schnitger wordt beweerd, dat hij uitsluitend de middentoonstemming gebruikte). In 1687 was hij vier dagen in Hamburg om het nieuwe Schnitger-orgel in de St. Nicolai te bekijken en om met de orgelbouwer over de orgels in de Marienkirche te spreken. In 1689 was Schnitger vier weken bij Buxtehude te gast, maar deze kon het niet voor elkaar krijgen om Schnitger een opdracht in zijn kerk te verschaffen. Als Buxtehude in 1701 klaagt, dat het grote orgel in 50 of 60 jaar niet gerepareerd was, dan is dat echter onterecht. Tussen 1668 en 1685 werkte er elk jaar een orgelbouwer aan één van beide of aan beide orgels, dat blijkt uit enkele opvallende posten in de door Buxtehude zelf bijgehouden en bewaarde rekeningboeken: 1673 Grote orgel gestemd en schoongemaakt, 29 dagen,
1677 Rugwerk en Borstwerk van het grote orgel gestemd, beschadigde pijpen gerepareerd, kleine orgel schoongemaakt, 18 dagen,
1683 Stemming van het kleine orgel, 4 1/2 dag,
1683 Stemming van beide orgels, 31 1/2 dag, waarbij de tongwerken niet gedaan werden.
Klein onderhoud en stemming van tongwerken behoorde tot de taken van de organist en werd dus niet vermeld. Andreas Werckmeister – een bekende van Buxtehude! – had zijn bekende stemming waarbij je in alle toonsoorten kunt spelen en er karakteristieke verschillen tussen die toonsoorten bestaan, reeds eerder ontwikkeld en in 1681 voor de eerste keer gepubliceerd. Het lijkt aannemelijk, dat na 1683 beide orgels een dergelijke stemming hadden. De moderne evenredig-zwevende stemming werd in het grote orgel in 1782 aangebracht, in het Totentanzorgel in 1805. Er wordt wel eens gedacht, dat enkele orgelwerken niet in de oorspronkelijke toonsoort zijn overgeleverd, maar in een transpositie. Zelfs als dit waar zou zijn, dan zijn nog niet alle hier gesignaleerde problemen opgelost. Een derde probleem ligt in de notentekst, er zijn geen autografen. Er zijn alleen afschriften en afschriften van afschriften! Een deel van de bronnen is geschreven in de nieuwe Duitse orgeltabulatuur (de noten worden door letters aangegeven met aparte tekens voor de ritmiek). Bronnen die in ons gebruikelijke schrift zijn genoteerd, stammen uit Midden-Duitsland en zijn grotendeels geschreven toen de componist niet meer leefde. Van de talloze onduidelijkheden en aangetroffen verschillen een voorbeeld.