Van een eerste schuilkerk in Harlingen was al sprake in 1612, maar algemene acceptatie was een andere zaak: het gebouwtje werd vier jaar nadien geplunderd. Het is mogelijk daarna wel weer gebruikt. In 1695 werd er gecollecteerd om het mogelijk te maken een woonhuis te verbouwen tot kerk. In 1752 werd achter een huis aan de Zuiderhaven een nieuw kerkgebouw opgericht. Of de vieringen toen al muzikaal werden opgeluisterd door eventueel beschikbare zangers en instrumentalisten (blazers, strijkers) is niet bekend, maar onmogelijk is dat niet, al moeten we daarbij bedenken dat dit afhankelijk was van het binnen de statie aanwezige potentieel. Een eerste orgel kwam er in 1783, al stelde het stadsbestuur daarvoor wel als voorwaarde, dat het instrument niet gelijktijdig zou worden bespeeld met de diensten in de hervormde kerk! Een merkwaardige eis, gezien de ook hemelsbreed aanzienlijke afstand tussen beide kerkgebouwen. Niettemin paste men het tijdstip van de diensten in de statie er wel op aan. Het orgel werd gebouwd door geloofsgenoot Albertus van Gruisen (1741-1824), die zich omstreeks 1780 als orgelmaker had gevestigd in Leeuwarden en (naast zijn werkzaamheden in andere kerken) min of meer 'hofleverancier' werd van de Friese staties: zo bouwde hij er in de volgende drie decennia zeker zeven nieuwe orgels en verzorgde in de meeste kerkjes ook het onderhoud. Van deze instrumenten bleef niet veel bewaard: alleen het orgel te Woudsend staat nog steeds op de oorspronkelijke locatie. De instrumenten te Bolsward (Sint-Martinus) en Dokkum bleven elders gedeeltelijk bewaard in gewijzigde staat. Van het orgel uit Bolsward kwam het afgelopen jaar een oude afbeelding boven water. De dispositie van het Van Gruisen-orgel in Harlingen staat vermeld in de bekende dispositieverzameling van N.A. Knock uit 1788: Manuaal (C-f'''): Praestant 8', Bourdon 16' disc., Holpijp 8', Octaaf 4', Gedaktfluit 4', Quint prestant 3', Super Octaaf 2', Woudfluit 2' en Mixtuur 3-sterk bas/disc. Werktuigelijke registers: Afsluiting, Tremulant en Windlossing. Er waren vier spaanbalgen en het instrument was gestemd in 'Kamertoon'. Of er op dat moment ook al een aangehangen pedaal aanwezig was (wel genoemd in de Orgelbeschrijvingen van G.H. Broekhuyzen uit omstreeks 1850), is niet bekend. Aanvankelijk zal het instrument door de maker zelf zijn onderhouden, vermoedelijk gevolgd door zijn zoon Willem van Gruisen (1788-1843). Daarna kwam het onderhoud terecht bij leden van de Harlinger familie Schrage.

Evenals Albertus van Gruisen, was Melchior Schrage (1772-1848) afkomstig uit het vlak onder het Groningse Sappemeer gelegen Kalkwijk; ook Schrage was rooms-katholiek. Vermoedelijk heeft hij zich kort na 1800 gevestigd in Harlingen, waar hij aanvankelijk te boek stond als 'coopman', maar daarnaast later ook enige tijd actief was als orgelmaker. Hij noemt zichzelf zo bij de volkstelling in 1839; hij woonde op dat moment op het huidige adres Kleine Bredeplaats 20. Of hij ooit bij een orgelmaker heeft gewerkt dan wel autodidact was, is niet bekend. In 1833/34 leverde hij een klein instrument aan de hervormde gemeente te Engelum. In 1841 had hij kennelijk het orgel van de Harlinger Nieuwe Kerk zo goed schoongemaakt en gestemd, dat orgelmaker Dirk Ypma uit Bolsward voor de kerkvoogden te Harlingen een gunstig getuigschrift opstelde. Vier jaar later bood hij (vergeefs) de kerkvoogden van Makkum een gebruikt orgel te koop aan. Schrage's 'thuiskerk', de room-katholieke statie aan de Zuiderhaven, werd in 1839 zo ingrijpend verbouwd en vergroot, dat er welhaast een geheel nieuwe kerk ontstond. Deze werd daarbij onder andere voorzien van een nieuwe ingangspartij (met torentje) aan de straatkant van de Zuiderhaven, zodat het gebouw nu ook vanaf de openbare ruimte overduidelijk als kerk herkenbaar was, daarmee het schuilkerkverleden achter zich latend.

Schrage verplaatste het orgel daarbij van de noord- naar de zuidkant van de kerk en verzorgde ook de nodige herstellingen. Het is niet bekend of hij het orgel voordien al in onderhoud had en zo ja, sinds wanneer. Uit de bewaard gebleven nota blijkt dat Schrage voor fl. 114,80 aan materialen had verbruikt (leer, orgelmetaal, hout), vermoedelijk voor herstel van pijpwerk, blaasbalgen en/of windlade. Als arbeidsloon bracht hij fl. 543,- in rekening, zodat de totale som aanzienlijk was. Het karwei had hem duidelijk zeer veel tijd gekost. Daar stond dan wel meteen een gift van fl. 50,- voor de nieuwe kerk tegenover! Het instrument als zodanig is waarschijnlijk niet gewijzigd. Na het overlijden van Melchior Schrage heeft zijn zoon Jacobus Schrage (1801-1873) het orgel enige tijd onderhouden en het in 1854 ook schoongemaakt. Het instrument was hem trouwens zeer goed bekend want reeds vanaf 1806 (hij was toen nog maar ruim vijf jaar oud!) was hij er organist. Hij bleef dat zeker tot in 1872, de eerste 24 jaar gratis, daarna voor een honorarium van fl. 50,- per jaar. Het waren voor hem wel broodnodige neveninkomsten bij zijn eigen "kleine negotie" want hij moest er in 1836 wel een vrouw en zeven kinderen van onderhouden. Met het toenemende aantal diensten, ook door de week, werd het drijven van zijn nering er niet eenvoudiger op. Dat hij enige jaren tevoren wat bleek te hebben bijverdiend als organist in de lutherse kerk is dan ook niet verwonderlijk. Zijn verzoek in 1836 tot verhoging van het honorarium werd toen of enige jaren later ingewilligd en tot in 1872 ontving hij voortaan jaarlijks fl. 70,-. Bovendien kreeg hij in 1867 nog een gratificatie van fl. 15,-.

Het Van Gruisen-orgel had in het midden van de negentiende eeuw inmiddels zijn beste tijd wel gehad en ondanks het onderhoud door de heren Schrage werd het in 1855 omschreven als "een geheel versleeten orgel". In dat jaar was het onderhoud overgegaan naar de pas opgerichte firma Gebroeders Adema te Leeuwarden. Carel en Piet Adema - geschoold bij onder andere de orgelmakers Van Dam en Witte, respectievelijk Hardorff en Loret - bouwden vanaf 1855 aanvankelijk instrumenten op klassieke leest geschoeid op basis van de ervaringen die ze hadden opgedaan bij hun leermeesters; ook bouwden ze veel huispijporgels. In 1868 werd een filiaal gesticht te Amsterdam, dat onder leiding kwam te staan van Piet Adema; de meeste orgeldelen werden tot 1877 echter nog steeds vervaardigd in het hoofdatelier te Leeuwarden. In 1871 voltooiden de beide broers in de Amsterdamse Mozes-en-Aäronkerk een groot orgel in Frans-symfonische stijl, dit onder leiding van de Franse orgeldeskundige Charles-Marie Philbert, die als diplomaat werkzaam was in de hoofdstad. Veel van de toen opgedane ervaringen zouden de Adema's in de jaren daarna in hun instrumenten verwerken, zoals bijvoorbeeld in het niet bewaard gebleven grote orgel in de hervormde kerk te Ferwerd (1873) en het veel kleinere in de kerk van Deersum (1875). De gebroeders Adema repareerden het Harlinger Van Gruisen-orgel medio 1855 voor fl. 216,- en mogelijk was dit hun eerste behoorlijke klus als nieuw bedrijf. Sindsdien bleef het instrument in onderhoud bij leden van het huis Adema. Dat er toen al werd nagedacht over plannen dit "nietig orgeltje" te vervangen door een groter, meer eigentijds instrument, blijkt uit het niet uitgevoerde voorstel uit 1859 voor de bouw van een nieuw tweeklaviers orgel. Als het was gerealiseerd, dan had Harlingen, gezien een bewaard gebleven ontwerptekening, mogelijk het eerste instrument gehad dat in ons land in de 19e eeuw zou zijn gebouwd in twee kassen (aan weerszijden van het torenraam). Die eer viel nu vier jaar later de parochiekerk te Wolvega ten deel, waar Gebroeders Adema wél een dergelijk instrument bouwden. Het verdwijnen van gemengde koren en met name het vanaf 1866 nog uitsluitend toestaan van mannenkoren, alsmede het feit dat het orgel als enig muziekinstrument werd toegestaan tijden de vieringen, deed toch de behoefte toenemen aan een instrument met meer grond, dat goed het betreffende koor kon begeleiden. Het werd door Gebr. Adema in 1868 voor f. 1400,- gebouwd. Wellicht vormde het gouden priesterfeest van pastoor Jorna de aanleiding tot het vervangen van het oude Van Gruisen-orgel, dat voor f. 85.- werd overgenomen door de orgelmakers; verdere lotgevallen van dit instrument zijn niet bekend.

Het nieuwe Adema-orgel (nog exponent van de eerste, 'klassieke', periode van de firma) werd op 28 december van dat jaar voor het eerst gebruikt, waarbij organist Hoff uit Franker het instrument bespeelde. De dispositie luidde, afgaande op het bewaard gebleven bestek: Manuaal (C-f'''): Prestant 8', Bourdon 8', Viola 8', Octaaf 4', Roerfluit 4', Quintfluit 3', Octaaf 2' en een open plaats voor een tongwerk. Pedaal (C–c'): aangehangen. Werktuigelijke registers: Ventiel en Forto. Bij 'Forto' moeten we denken aan een registerknop of trede, waarmee een aantal sterke registers kon worden in- en uitgeschakeld. Het pijpwerk werd dan opgesteld op een windlade met twee ventielkasten. Op die manier kon het ontbreken van een zelfstandig tweede klavier met eigen stemmen enigszins worden gecompenseerd. Of het instrument ook werkelijk op deze manier was ingericht, is niet duidelijk. In het bestek wordt er verder niet over gerept en het is dus mogelijk dat het opschrift Forto slechts een verder functieloze registerknop sierde. Evenmin is bekend welk uiterlijk het instrument heeft gehad; weliswaar hadden de orgelmakers een al bestaand frontontwerp ingeleverd, maar dit was slechts ter gedachtenbepaling van de kerkmeesters. Overigens werd door de orgelmakers opgemerkt: "De inrigting van het Orgel wordt zoodanig, dat bij eene latere vergrooting [bijvoorbeeld in een grotere kerk], alle orgelvoorwerpen [opnieuw] kunnen gebruikt worden". Men heeft deze mogelijkheid kennelijk niet in het achterhoofd gehouden, want toen ruim 10 jaar later plannen voor de bouw van een nieuwe kerk (de huidige) concreet werden, werd het orgel door C.B. Adema (die na het faillissement van Gebr. Adema in 1877 het atelier in Leeuwarden voortzette, enige jaren later onder de naam C.B. Adema & Zonen) gedemonteerd en vervolgens verkocht aan een in de omgeving van het Engelse Manchester werkzame priester van Friese komaf. Het werd in het najaar van 1881 daarheen verscheept; ondanks naspeuringen is over verdere lotgevallen van het instrument niets boven water gekomen. Men zal in Harlingen de netto opbrengst van deze transactie (f. 800,-) goed hebben kunnen gebruiken voor de financiering van de nieuwe Tepe-kerk, waar men zich in de periode daarna heeft moeten redden met een serafine-orgel. Wie dat heeft geleverd is niet bekend.

Na het bovengenoemde faillissement in 1877 opereerde P.J. Adema zelfstandig verder vanuit de werkplaats in Amsterdam; zijn werkterrein lag aanvankelijk vooral in het westen van ons land. Niettemin verscheen hij later ook weer enkele malen in Friesland en aangrenzende gebieden, ook al omdat het atelier van zijn broer Carel in Leeuwarden niet meer de betekenis van voorheen bereikte. Zo leverde Piet Adema in 1885 zowel aan de parochies te Oldemarkt (bij Steenwijk) als in Workum tweeklaviers orgels, waarbij het binnenwerk was verdeeld over twee aparte kassen aan weerskanten van het raam in de toren, dat op die manier vrij in het zicht bleef. In beide gevallen was het front ontworpen door F.W. Mengelberg. Daar men in Harlingen wellicht bekend was met het orgel te Workum, koos men voor een instrument van de inmiddels P.J. Adema & Zoon geheten Amsterdamse firma met eenzelfde opzet als in Workum en ook hier met een front naar ontwerp van F.W. Mengelberg (vervaardigd door Nicolai te Utrecht). Trouwens, ook het hoofdaltaar werd door Mengelberg vervaardigd. Dat een dergelijk kostbaar instrument kon worden aangeschaft (voor ruim f. 5400,-, waarvan f. 1200.- voor de kassen) had de parochie overigens te danken aan een genereuze gift van Hermanus Schrage, een kleinzoon van Melchior Schrage en neef (oomzegger) van de eveneens eerder genoemde Jacobus Schrage. Het orgel was evenals beide eerder genoemde instrumenten voorzien van mechanische sleepladen en het was één van de laatste orgels van Adema-Amsterdam met deze tractuur, want in hetzelfde jaar voltooiden ze hun eerste pneumatische orgel in de parochiekerk te Uitgeest. Drie jaar later bouwden ze voor het laatst een mechanisch orgel en gingen ze definitief over op de pneumatiek. Evenals in Workum stond de speeltafel ver naar achter tussen beide kassen, vrijwel tegen de torenmuur. Door het grote raam viel er voldoende licht naar binnen en van achter zijn speeltafel had de organist goed zicht op het voor hem staande koor. Net zoals in Workum werd het tweede manuaal niet geplaatst in een zwelkast. Bij de inwijding en inspeling op maandag 20 juni 1898 werd het instrument bespeeld door J.B. Ponten, organist van de O.L.V. kerk te Zwolle; hij voerde werken uit van o.a. Muffat, Bach, Händel, Mendelssohn en Guilmant en maakte daarmee grote indruk. Het instrument had als dispositie: Hoofdmanuaal (C – g'''): Bourdon 16', Prestant 8', Salicionaal 8', Holpijp 8', Octaaf 4', Roerfluit 4', Octaaf 2', Mixtuur 2-4 sterk en Trompet harmoniek 8'. Manuaal II (C-g'''): Viola di Gamba 8', Vox Coelestis 8', Bourdon 8', Roerfluit 8', Fluit harmoniek 4', Piccolo harmoniek 2' en Vox humana 8'. Pedaal (C-d'): Subbas 16' (open), Gedekt 16' en Violoncel 8'. Koppelingen: Hoofdmanuaal – Pedaal, Tweede manuaal – Pedaal en manuaalkoppel.

Tot 1913 bleef het orgel bij de Amsterdamse firma in onderhoud. In dat jaar nam de Firma Gebroeders Adema het werk over. Het betrof hier de twee zonen van C. B. Adema: Siebrandus en Lambertus, die na de dood van hun vader in 1905 het familiebedrijf in Leeuwarden voortzetten, hoofdzakelijk met onderhoud en reparaties, maar ook met de bouw van nieuwe orgels, zoals in de parochiekerken te Balk (1906), Warga (1911), Bakhuizen (1923) en Roodhuis (1928). Zij repareerden te Harlingen in 1919 de blaasbalg. Siebrandus Adema, die na het overlijden van zijn broer in 1931 de zaak alleen voortzette, deed in 1939 (twee jaar voor zijn overlijden) om gezondheidsredenen het onderhoud over aan zijn neef Joseph, zodat het orgel weer bij Adema-Amsterdam terecht kwam. In de nacht van 4 op 5 november 1941 werd de kerk zwaar beschadigd door een bombardement, waarna men de volgende jaren gebruik moest maken van het als noodkerk ingerichte verenigingsgebouw aan de Rommelhaven. De gehavende Tepe-kerk kon na afloop van de oorlog worden hersteld en werd in het najaar van 1948 weer in gebruik genomen. Ook het ernstig beschadigde orgel had dringend restauratie nodig, maar realisatie daarvan door de firma Joseph Adema / Hubert Schreurs te Amsterdam werd aanvankelijk vertraagd door gebrek aan materialen en nodige nieuwe onderdelen. Het instrument werd gewijzigd in overeenstemming met toen geldende voorkeuren en voorzien van een "elektrisch-sleepladesysteem" met een nieuwe bijpassende speeltafel (geplaatst voor op het zangkoor), voorzien van diverse speelhulpen; ook kwam er nu een zwelkast om manuaal II. De dispositie werd gewijzigd en uitgebreid. De ingebruikneming vond plaats op 17 februari 1950, waarbij de toen nog jonge Albert de Klerk werken speelde van J.P. Sweelinck, J.S. Bach, G.F. Händel, Cesar Franck en een eigen improvisatie.

De dispositie was als volgt geworden: Hoofdmanuaal (C – g'''): Bourdon 16', Prestant 8', Salicionaal 8', Holpijp 8', Octaaf 4', Roerfluit 4', Doublet 2', Mixtuur 2-4 sterk en Trompet 8'. Manuaal II in zwelkast (C-g'''): Vioolprestant 8', Viola 8', Vox Coelestis 8', Bourdon 8', Fluit harmoniek 4', Flageolet 2', Sexquialter 1-2 sterk en Fagot Hobo 8'. Pedaal (Contra F-f): Contrabas 16', Subbas 16' (open), Openbas 8' Openfluit 4' en Fagot 16'. Koppelingen: Hoofdmanuaal – Pedaal, Tweede manuaal – Pedaal en manuaalkoppel Parallel aan de restauratie van de kerk vond in 2000 ook een grondig herstel van het orgel plaats door Adema's Kerkorgelbouw, waarbij de dispositie in oorspronkelijke zin werd gewijzigd; daarbij werd onder andere de in 1950 verwijderde (maar elders bewaard gebleven) Vox Humana herplaatst. Met de toevoeging in 2003 van een Trompet 8 vt op het Manuaal II werden deze werkzaamheden afgesloten. De dispositie luidt sindsdien: Hoofdmanuaal (C – g'''): Bourdon 16', Prestant 8', Salicionaal 8', Holpijp 8', Octaaf 4', Roerfluit 4', Doublet 2', Mixtuur 2-4 sterk en Trompet 8'. Manuaal II in zwelkast (C-g'''): Vioolprestant 8', Viola 8', Vox Coelestis 8', Bourdon 8', Fluit harmoniek 4', Piccolo harmoniek 2', Trompet 8' [harmoniek], Fagot Hobo 8' en Vox Humana 8'. Pedaal (C-f'): Contrabas 16', Subbas 16' (open), Openbas 8', Cello 8' en Fagot 16'. Koppels: I + II, P-I, P-II, I-II16', II-II16'. Tremulant (Manuaal II), Afsluiting tongwerken, Vrije Combinatie en Zweltrede.