Op 19 juli 1932 werd de Pelikaankerk te Leeuwarden in gebruik genomen. Bij die gelegenheid werd ook het orgel gepresenteerd. Op die gedenkwaardige dinsdag vond om twee uur 's middags de overdracht van kerk en orgel plaatst, terwijl 's avonds om 8 uur een kerkdienst werd gehouden. Beide keren bespeelde Rients Beintema, organist van de Leeuwarder Koepelkerk, het nieuwe orgel. In 1928 kwam de kerkenraad van de Gereformeerde kerk van Leeuwarden tot de slotsom, dat de gemeente met een gebrek aan zitplaatsen te maken had. Dit resulteerde in de aankoop van een bouwterrein aan de Pelikaanstraat en in de instelling van een bouwcommissie. In 1931 werd een plan voor een nieuw kerkgebouw van de hand van de architect Egbert Reitsma aanvaard en kon de bouw een aanvang nemen.
De bouw van een nieuw orgel werd opgedragen aan de firma Valckx & Van Kouteren te Rotterdam. Deze firma was in die tijd zeer actief in Fryslân. Enkele jaren tevoren was door deze orgelbouwers ook het nieuwe orgel in de Gereformeerde Koepelkerk opgeleverd. In de besprekingen over de bouw van het orgel van de Pelikaankerk komt naar voren dat niet iedereen over dat Koepelkerkorgel tevreden was. Met de bouwers werd daarom overeengekomen, voorzieningen in de Koepelkerk te treffen, waardoor het orgel "zwaarder" zou gaan klinken.
Het orgel dat voor de Pelikaankerk besteld werd zou ƒ 6.950,- gaan kosten. Het werd kleiner dan dat van de Koepelkerk, maar zeker voldoende voor het nieuwe kerkgebouw. Het front werd ontworpen door Egbert Reitsma. Hij ontwierp een façade van zinken en houten pijpen, die een prachtige eenheid vormt met de architectuur van de kerk. De twee manuaalwerken zijn achter dit front naast elkaar opgesteld, het hoofdwerk links, het zwelwerk rechts. De pijpen van het pedaal staan deels in het front, deels direct achter het front. Het orgel werd uitgerust met het pneumatisch tractuursysteem. De windladen zijn kegelladen. Reitsma bracht twee vloeren aan boven de kansel. Op de bovenste vloer werd het orgel opgebouwd, op de onderste kreeg de speeltafel een plaats. De organist Beintema, die als adviseur optrad, beschreef uiterst precies, en tevens nogal lyrisch alle speelhulpen (in feite registreerhulpen) die het nieuwe tractuursysteem mogelijk maakte: vaste combinaties, een vrije combinatie, een generaal crescendo en het automatisch pianopedaal. Verder werden veel koppels aangebracht, naast de gebruikelijke manuaalkoppel en pedaalkoppels ook onder- en bovenoctaafkoppels. Deze laatste categorie koppelingen maakt een belangrijk bestanddeel van het klankconcept uit. De kleurmogelijkheden worden er niet alleen door vergroot, ook het volume kan hierdoor aanmerkelijk toenemen. Bij de overdracht op 19 juli 1932 speelde Beintema een inleiding met koraal over Psalm 133 vers 3, een Toccata en Fuga van J.S. Bach en een improvisatie. In de dienst die 's avonds werd gehouden, speelde Beintema delen uit een orgelconcert van Handel, koraalvariaties van O. Merikanto en de Marche Solenelle van Alphonse Mailly. Ook werkte toen het 'Evangelisatiekoor' mee.
Helaas moet worden vastgesteld dat het interieur van de kerk niet in de oorspronkelijke staat bewaard gebleven is. Gelukkig is dat bij het orgel wel het geval. Slechts een kleine wijziging in de dispositie moet worden vermeld, enkele jaren na de oplevering door de oorspronkelijke bouwers uitgevoerd: de Voix Celeste op het zwelwerk is door een Woudfluit 2' vervangen. Enkele jaren geleden zijn herstellingen uitgevoerd door Orgelmakerij Bakker & Timmenga, waarbij de versleten membranen zijn vernieuwd. Het Valckx & Van Kouterenorgel van de Pelikaankerk heeft intussen, als onderdeel van het kerkgebouw, de status van Rijksmonument verkregen. Een terechte aanwijzing. Niet alleen de architectuur van de kerk is immers uniek, ook het klankconcept en de makelij van het orgel is het waard aan het nageslacht doorgegeven te worden, als getuige van de stijl van 75 jaar geleden.
