In 1882 werd met de bouw begonnen. Architect was Hendrik Kramer, bekend bouwmeester te Leeuwarden. Hij ontwierp een kerk met toren in een stijl, die veel elementen van de neo-renaissance in zich draagt. In januari 1883 werd het orgel aanbesteed bij de orgelmakers Bakker & Timmenga te Leeuwarden. Kort na de oplevering van het kerkgebouw kwam het gereed in mei 1884. Bijzonder mag genoemd worden, dat het orgel onafgebroken bij dezelfde firma in onderhoud is gebleven, en nooit veranderd is. Tot aan de jongste restauratie was er nog geen elektrische windvoorziening aangebracht!

Een restauratie was na ruim 100 jaar trouwe dienst echter onvermijdelijk geworden. De windlade was niet meer winddicht, de balg al evenmin. Klavier en pedaal hadden onder slijtage geleden, en de nog originele verf van 1884 bladderde van de orgelkas af. Over die verfbehandeling is in 1884 nog wel één en ander te doen geweest. Binnen in de kas is met potlood een rijmpje te vinden, dat daarvan verhaalt:
'Baas Zeldenrust
Is wel bewust
Dat Hij in deez Kerk
Heeft gemaakt goed werk
De kerk is eikenhout gekleurd
Doch dit wierd voor 't Orgel afgekeurd
Nu is 't gekleurd als Palisander
En afgezet, met goud en Brons door elkander
De beelden heeft Sietse Veenstra gemaakt
Daar over was wel iemand wat geraakt
Het orgel is gemaakt zo als 't hier sta
Door de firma Bakker en Timmenga'.

Het eikenhout op het meubilair is inmiddels jaren geleden overgeschilderd. Maar de palissanderimitatie op de orgelkas was nog aanwezig. In het kader van de orgelrestauratie heeft schilder Klaas de Graaf uit Burdaard (Birdaard) de gehele orgelkas opnieuw in deze palissanderimitatie geschilderd, en daarbij de bladgoudbehandeling vernieuwd.

Wie zou er nu zo 'geraakt' kunnen zijn geweest door die beelden op de kas ? Het front van het orgel heeft enkele bijzonder vernieuwende aspecten. Tegen de frontstijlen zijn dunne colonetten geplaatst. Op de torens worden bolvormige bekroningen aangetroffen. Daarbij springt nog het meest in het oog, dat er in het geheel geen 'krullen' zijn, anders gezegd: er is geen snijwerk bij de voeten en boveneinden van de frontpijpen. Het kan niet anders, of de hand van architect Kramer is hierin te herkennen. Want hoewel het front past in de fronttraditie van de orgelmakers Bakker & Timmenga, is de uitvoering in Warstiens afwijkend door de hierboven genoemde kenmerken. Kramer heeft dus de details bepaald, die in zijn kerkgebouw moesten passen.
Bovendien ontwierp hij curieuze zijstukken, bestaande uit rondbogen op zuiltjes. Daaraan was nog te zien, dat daar oorspronkelijk gordijnen aanwezig waren, die half open gedrapeerd waren. Een 19e-eeuwse foto van het orgel, aanwezig in het archief van de fa. Bakker & Timmenga, bevestigde dat. De kerkvoogdij heeft na het schilderen van de kas ook die gordijnen weer laten aanbrengen. Het geheel levert nu een unieke aanblik op, die nergens anders in de provincie voorkomt. Het eigenlijke muziekinstrument werd door de fa. Bakker & Timmenga zorgvuldig gerestaureerd, zonder ook maar één verandering of vernieuwing aan te brengen. Na 115 jaar dienst werd alleen voor de windvoorzienig een knieval aan de hedendaagse praktijk gedaan: een elektrische windmachine is de aloude poestertrapper komen vervangen.

Het loont zeer zeker, om in Wargea (Warga) eens het doodlopende weggetje richting Warstiens te nemen. Vanwege hun bijzondere kenmerken zijn kerkje en orgel van Warstiens dan ook opgenomen in de najaarsexcursie van de Stichting Organum Frisicum op 30 september van dit jaar.