Over zijn vroege jeugd is weinig bekend. Wel weten we dat hij op 7 september 1696 in Eigenrieden, een dorp in de buurt van Mühlhausen is gedoopt. Zijn ouders waren Nicolaus Schwartzburg en Anna Margaretha Fritschler. In 1717 is in een kerkboek te Eigenrieden te vinden dat een van de drie zonen van Nicolaus in opleiding is voor orgelbouwer.
Johann Michael moet dus tegen de 30 jaar oud geweest zijn toen hij naar Leeuwarden kwam. Het is onduidelijk hoe Müller en Schwartzburg met elkaar in contact zijn gekomen. In het gemeentearchief van Amsterdam, waar Müller woonde voordat hij naar Leeuwarden vertrok, komt de naam van Schwartzburg niet voor. Mogelijk heeft Schwartzburg naar een baan in Leeuwarden gesolliciteerd toen Müller uitbreiding van zijn personeel zocht om deze grote klus in de Grote Kerk te klaren.
Nadat het orgel was voltooid en Müller terugkeerde naar Amsterdam bleef Schwartzburg in de Friese hoofdstad wonen. Op 29 januari 1730 trad hij in het huwelijk met Minke Baukes en zij kregen drie kinderen. Schwartzburg kocht in juli 1732 “(…) sekere drie fraye kamers agter elkander staand in Poptasteeg binnen meergenoemde stad Leeuwarden”. In 1735 verhuisde hij naar de Gragtswal. Hij bleef lid van de Evangelisch-Lutherse Gemeente en was enige tijd ouderling.

Schwartzburg heeft in Fryslân voornamelijk veel stem- en onderhoudswerk aan orgels verricht. Hij bouwde zelf maar vijf nieuwe orgels, uitsluitend in Fryslân, te weten: Wolvega (1733), Burgwerd (1735), Leeuwarden (Waalse Kerk 1739/40), Morra (1740) en Beers (geplaatst in 1750).
Laatstgenoemd orgel was aanwezig in de erven van Schwartzburg en wordt genoemd in een advertentie in de Oprechte Haerlemse Courant van 26 november 1748, waarin zijn orgelmakerij te koop wordt aangeboden. Schwartzburg moet in hetzelfde jaar als zijn vrouw, in 1748, zijn overleden. Een opvolger heeft Schwartzburg niet gehad.

In 1733 maakte Schwartzburg een éénklaviers orgel voor de protestantse Kerk op de Hoogte in Wolvega, toen de Hervormde Kerk. Het had de volgende dispositie volgens Knock (1788):
Praestant 8 vt, Holpijp 8 vt, Octaaf 4 vt, Quint 3 vt, Octaaf 2 vt, Gemshoorn 2 vt, Cornet 3 sterk , Tertiaan 3 sterk, Mixtuur 3-6 sterk, Trompet 8 vt. “Het heeft onder lang klavier, dog zonder aangehangen pedaal”.

Bouwer en jaartal worden genoemd op pijp C van de Prestant: “Michael Schwartzburg me fecit Ao 1733”. De Leeuwarder steen- en beeldhouwer Jacob Sijdses Bruinsma, bekend als ontwerper van de beelden en ornamenten van het orgel van de Grote Kerk in Leeuwarden, maakte het snijwerk van de orgelkas.
In 1863 werden door de firma Van Dam de Gemshoorn, Tertiaan, Mixtuur en Trompet vervangen door een Fluit 4 vt, Fluit 2 vt, Bourdon 16 vt en Viola 8 vt. De kas werd verbreed.
In 1934 vergrootte Mense Ruiter de klavieromvang. Ook maakte hij van de 16-voets Bourdon een pedaalregister met een pneumatische transmissie. De orgelkas werd van een bruine verflaag voorzien. In 1939 plaatste Mense Ruiter het orgel op het balkon naar voren.
In 1965 voerde firma Flentrop uit Zaandam een grondige restauratie uit. Adviseur was dr. M.A. Vente. Bij deze restauratie is de oorspronkelijke dispositie hersteld, de orgelkas weer tot zijn oorspronkelijke afmetingen teruggebracht, maar bleef naar voren geplaatst omdat het niet mogelijk was het orgelbalkon tot de oorspronkelijke diepte terug te brengen. De verflagen werden verwijderd. In 1970 was de restauratie voltooid. Sindsdien is de kas ongeschilderd gebleven. Momenteel (begin 2020) voert Flentrop groot onderhoud aan het orgel uit.

Huidige dispositie:
Manuaal (C-c3): Prestant 8 vt, Holpijp 8 vt, Octaaf 4 vt, Quint 3 vt, Octaaf 2 vt, Gemshoorn 2 vt (1733 / 1970), Tertiaan 1 3/5 voet (1970), Cornet 3 sterk D, Mixtuur 4-5 sterk (1970), Trompet 8 vt, Tremulant
Pedaal (C-d1): aangehangen.
Stemming: Werckmeister. Toonhoogte a1 = 1/4 toon boven 440 Hz

In 1735 maakte Klaas Grons, zoon van Adrianus Grons, bijzitter en mederechter van Wonseradeel, en van Ittje Buwalda de bouw mogelijk van het orgel in de kerk te Burgwerd. Een opschrift op de balustrade, getooid met prachtig snijwerk, vertelt het verhaal (zie kader).

Het orgel was een geschenk en werd niet door de kerkvoogdij aangeschaft. Uitgaven en kosten komen dan ook niet in de rekeningboeken voor.
De dispositie volgens Knock (1788):
Praestant 8 vt, Praestant 8 vt (discant), Octaaf 4 vt, Quint 3 vt, Octaaf 2 vt,
Quintfluit 1 1/2 vt, Mixtuur, Cornet en Trompet 8 vt (gedeeld). Pedaal: aangehangen. Tremulant.
In 1822 werkte de firma Van Dam aan het orgel. Mogelijk werd de Mixtuur vervangen door een Fluit. De firma Reil voegde in 1948 een tweede manuaal en een vrij pedaal toe, waardoor de kas dieper gemaakt moest worden. Ook werd de klavieromvang vergroot. De Quint 1½ vt werd vervangen door een Mixtuur. In 2009-2011 werd het orgel door de firma Flentrop weer teruggebracht in zijn oorspronkelijke staat (adviseurs Jan Jongepier en Theo Jellema), wat ook betekende dat het tweede manuaal en het pedaal werden verwijderd. De orgelkas werd in de oorspronkelijke kleuren geschilderd.
Het snijwerk van het Burgwerder orgel werd deels vervaardigd door Jacob Sydses Bruinsma en deels door Jaan Oenema, die in het naburige Ysbrechtum werd geboren en die vóór 1735 in 1727 ook aan de preekstoel in Burgwerd werkte.
Ook het wapenbord, waarvan de oorspronkelijke wapens in de Franse tijd waren verwijderd en later onjuist waren hersteld kreeg weer zijn oorspronkelijke afbeeldingen terug.

Huidige dispositie:
Manuaal (C-c3): Prestant 8 vt (discant dubbel), Holpijp 8 vt, Octaaf 4 vt, Quint 3 vt, Octaaf 2 vt, Quintfluit 1 1/3 vt, Cornet 3 sterk D, Mixtuur 3-4 sterk, Trompet 8 vt B/D.
Pedaal (C-d1) aangehangen.
Tremulant, Windloser.
Stemming: Vallotti. Toonhoogte: a1 = 435 Hz. Winddruk 62 mm wk.

Tussen 1738 en 1740 bouwde Schwartzburg zijn enige tweeklaviers orgel, het orgel in de Waalse Kerk te Leeuwarden. Het orgel was een geschenk van de zeer muzikale Anna van Hannover, dochter van George II, koning van Engeland. Zij was de echtgenote van Willem IV en een leerling van Georg Friedrich Händel. In de kleppenkast (voorloper van een zwelkast) is de volgende inscriptie te vinden: “Anno 1739 is dit orgell door haer Koniglieke hogheyt de kroonbrincesse Anna, gemalin van Sien Hogheit dem brins van Orange gemaeckt van Michaell Schwart orgellmaker dott Lewarden”.
Gedeputeerde Staten van Fryslân betaalden het snijwerk van het rugstuk. Het toont de wapens van prins Willem IV en Anna van Hannover. Lange tijd was er geen bestek van het orgel bekend. Omstreeks 10 jaar geleden werd het aangetroffen in het Koninklijk Huisarchief te Den Haag. Ten Hoeve stelde vast dat het fraaie snijwerk aan het rugstuk en aan de orgelkas van Jaan Oenema is en niet, zoals eerder werd aangenomen, van Jacob Sydses Bruinsma, die een groot deel van het snijwerk aan het Müller-orgel van de Grote of Jcobijnerkerk in Leeuwarden vervaardigde.
Hess (1774) geeft de volgende dispositie:
Bovenwerk: Praestant 8 vt, Holpyp 8 vt, Octaav 4 vt, Octaav 2 vt, Quint 3 vt, Mixtuur 4-6 sterk, Cornet 4 sterk, Trompet 8 vt.
Onderwerk: Praestant 8 vt, Quintadeena 8 vt, Sollycionaal 3 vt, Nagthoorn 2 vt, Dulciaan 8 vt.
Stomme Registers: Afsluitingen, Tremulant, Koppeling, Ventiel. Hierby zyn 4 Blaasbalgen.

In 1854 is het orgel ingrijpend gewijzigd door de firma Van Dam. De Mixtuur werd vervangen door een Fluit 4 vt en een Bourdon 16 vt werd op het manuaal toegevoegd. Ook veranderde hij de opstelling en registers van het nevenwerk.
In 1950 voerde de firma Flentrop een restauratie uit (adviseur Piet Post) naar de toen heersende mening over het klankbeeld van een barokorgel: meer 8-voetsregisters werden toegevoegd en de Bourdon 16 vt werd een zelfstandig pedaalregister met een pneumatische windlade. In 2001, toen het orgel al niet meer bespeelbaar was, werd een grondige restauratie verricht door de firma Bakker & Timmenga te Leeuwarden. De dispositie is toen teruggebracht naar die van 1854 en daarmee voor een groot deel weer naar het oorspronkelijk ontwerp.

De huidige dispositie:
Hoofdwerk (C-c3): Prestant 8 vt, Holpijp 8 vt, Octaaf 4 vt, Fluit 4 vt, Quintfluit 3 vt, Octaaf 2 vt, Mixtuur 4-6 sterk, Trompet 8 vt
Nevenwerk (C-c3): Prestant 8 vt, Roerfluit 8 vt, Fluit travers 4 vt, Salicionaal 4 vt, Nachthoorn 2 vt, Dulciaan 8 vt
Pedaal (C-d1): aangehangen.
Tremblant, Manuaalkoppel, Voettrede voor kleppenkast, Windloser, Twee Afsluiters.

Het orgel in de Johanneskerk te Morra werd door Schwartzburg gebouwd in 1740, getuige de inscriptie boven de klaviatuur: “MICHAEL T SCHWARTSBURG ME FECET LEEUWARDEN ANNO 1740”, met daarnaast het wapen van Schwartzburg. Het orgel was een geschenk van Jantje Nannes Botma, weduwe van “boer, bysitter en dykgreve”
Gerrit Sakes Botma (1651-1735) getuige het opschrift op de orgelbalustrade.

Het snijwerk aan het orgel in Morra en aan een grafsteen (1735) voor de familie Botma is van Jacob Sydses Bruinsma. Hij tekende ook voor het rugstuk van het Schwartzburg-orgel in Wolvega.
Een bestek van het orgel is niet gevonden. Knock (1788) geeft de volgende dispositie:
Praestant 4 vt, Holpijp 8 vt, Nasat 3 vt, Octaaf 2 vt, Quintfluit 1½ vt, Cornet 3 sterk D, Mixtuur 3-4 sterk, Trompet 8 voet B/D, aangehangen pedaal, tremulant en windlossing.

Het orgel is in de beginjaren in onderhoud geweest bij onder anderen Frans Caspar Schnitger jr. als medewerker van Hinsz en Albertus van Gruisen. In 1827 werd door de firma Van Dam een nieuwe windlade en nieuwe klaviatuur aangebracht. Later kwam het orgel in onderhoud bij de firma Hardorff uit Leeuwarden. In 1859 herzag Hardorff de windvoorziening nogmaals. Daarbij verloor de onderkas zijn smalle maten en consoles. Ook bracht hij een pianoforte-inrichting aan. Geruime tijd daarna verving hij de Trompet 8 vt door een Prestant 8 vt.
In 1985/86 werd het orgel, aangetast als het was door houtworm, grondig gerestaureerd door Bakker & Timmenga. De Trompet 8 vt werd in 1989 gereconstrueerd. Alle voorgaande wijzigingen – uit 1859 en daarna – werden behouden.

Huidige dispositie:
Manuaal (C-f3): Holpijp 8 vt, Prestant 4 vt, Fluit 4 vt, Nassart 3 vt, Octaaf 2 vt, Cornet 3 sterk D,
Mixtuur 3-4 sterk, Trompet 8 vt B/D.
Pedaal (C-b0): aangehangen.
Tremulant, pianoforte-inrichting (1859) en Windlossing.

Over het Schwartzburg-orgel in Beers (tegenwoordig Bears) is helaas maar weinig bekend. In 1750 kochten de kerkvoogden van Beers een orgel van de erven Schwartzburg. Dit instrument was oorspronkelijk bedoeld voor de Franeker Academie. Orgelbouwer en curatoren van de Academie konden het evenwel niet eens worden over de prijs. Dit orgel bezat volgens verschillende documenten, net als de andere Schwartzburg-orgels, een prachtige en rijkversierde kas.

De dispositie (Knock 1788) was als volgt:
Aan de linke hand: Praestant 8 vt (discant), Praestant 4 vt, Cornet 3 sterk (discant), Octaaf 2 vt, Tremulant.
Aan de rechte hand: Gemshoorn 4 vt, Holpijp 8 vt, Nassat 3 vt, Mixtuur 3 sterk, Ventil.

In 1880 bouwde L. van Dam voor de kerk in Beers een nieuw orgel. Van het materiaal uit het Schwartzburg-orgel ontbreekt elk spoor.

De vier overgebleven Schwartzburg-orgels kenmerken zich door een krachtige, sonore en heldere klank. Het pijpwerk van deze orgels is tamelijk origineel bewaard gebleven, zodat een goede indruk kan worden verkregen van Schwartzburgs klankideaal. Daarin lijkt hij beïnvloed te zijn door Christiaan Müller. Mensuuronderzoek heeft aangetoond dat hij dicht bij de Müller-maten aansloot. Maar zijn orgels hebben toch een zeer eigen karakter, dat niet alleen af te leiden is door invloeden van voorgangers of tijdgenoten. Daarin is Schwartzburg uniek en zijn orgels nemen dan ook een aparte plaats in de Friese orgelcultuur in.
Opvallend is ook dat de door hem gebouwde orgels een voornaam en klassiek uiterlijk hebben. De klaviatuur is bij alle vier nog aanwezige orgels aan de voorzijde geplaatst. De orgelkas is steeds met rijk houtsnijwerk gedecoreerd (bij de vier nog aanwezige Schwartzburg-orgels door Jacob Sydses Bruinsma en/of Jaan Oenema). Hetzelfde geldt voor het rugstuk van de orgels dat de organist aan het zicht onttrekt. Kosten noch moeite lijken wat betreft de versiering en snijwerk bespaard. Wellicht omdat drie van deze orgels een geschenk waren van rijke gemeenteleden. Klank en vormgeving bezitten bij deze instrumenten een hoge artistieke kwaliteit.
Het is daarom verheugend te kunnen melden dat op initiatief van een viertal orgelliefhebbers uit Fryslân een dubbel-cd met opnamen van de Schwartzburg-orgels zal verschijnen. Deze dubbel-cd, waaraan Leo van Doeselaar, Leonore Lub, Erwin Wiersinga, Wolfgang Zerer en Peter van der Zwaag hebben meegewerkt, zal vanaf 3 juli verkrijgbaar zijn bij Stichting Organum Frisicum en in de Grote of Jacobijnerkerk te Leeuwarden. Alle donateurs van de stichting zullen een gratis exemplaar ontvangen.