De restauratie wordt uitgevoerd door Orgelmakerij Bakker & Timmenga te Leeuwarden; Theo Jellema treedt op als adviseur. De werkzaamheden zijn in april begonnen en het orgel moet voor de Kerst weer worden opgeleverd. Het Van Dam-orgel werd voor het laatst gerestaureerd in 1955. Dat kostte toen 9908 gulden. Bij de restauratie van de kerk zelf in 1960-1961 werd het orgel grotendeels wit geschilderd en werden op aanraden van de architect ook de vleugelstukken verwijderd. De witte kleur is sindsdien gebleven, de vleugelstukken zijn enige jaren geleden weer aangebracht.

Uitgangspunt voor de nieuwe restauratie is het rapport dat orgeladviseur Jan Jongepier (1941-2011) in 1998 maakte. Hij vond de ingrepen uit de jaren zestig maar niets. “Het kenmerkende negentiende-eeuwse beeld van orgelfront en peiwand zijn aanmerkelijk gedevalueerd”, aldus zijn rapport.De opdracht om het Van Dam-orgel opnieuw te restaureren werd op 17 december 2012 door de Protestantse Gemeente Leeuwarden Huizum verstrekt. Een klein jaar later, op 29 november 2013, werd de Dorpskerk door de Protestantse Gemeente overgedragen aan de Stichting Alde Fryske Tsjerken, vanwege het teruglopende ledental en de dalende inkomsten. Dat was inclusief het lopende BRIM onderhoudsplan. De restauratie van het orgel is daar een onderdeel van. Het grootste deel van de restauratiekosten (65%) wordt vergoed door het Rijk. Het eigen aandeel dat de Protestantse Gemeente voor de uitvoering van het BRIM-plan had gereserveerd (35%), is onderdeel van het instandhoudingsfonds dat samen met de kerk is overgedragen aan de Stichting Alde Fryske Tsjerken. De Stichting Alde Fryske Tsjerken hoeft dus geen eigen middelen in te zetten voor de restauratie. Bij de restauratie zijn alle pijpen uit het orgel genomen en naar de werkplaats overgebracht. De balg en de speelmechanieken zijn in de kerk gebleven en worden daar gerestaureerd. Met name de windladen waren dringend aan restauratie toe. In overleg met de vorige eigenaar, de Protestantse Gemeente, is bovendien besloten om in het kader van dispositieherstel een nieuwe Cornet 3 sterk aan te brengen en een Salicionaal 8' discant op het bovenwerk. Tevens worden de frontpijpen opgepoetst en de labia opnieuw verguld.

Een tweede restauratie waar de Stichting Alde Fryske Tsjerken adviseur Theo Jellema bij betrokken heeft, betreft die van het Albertus van Gruisen-orgel (1799) uit de Sint-Radboudkerk van Jorwert. In de Friese Orgelkrant 2013 werd al gemeld dat de Plaatselijke Commissie gevraagd heeft of het orgel gerestaureerd kan worden. Inmiddels heeft Theo Jellema een restauratieplan gemaakt, en zijn de cultuurfondsen aangeschreven of zij financieel willen bijdragen. Albertus van Gruisen (1741-1824) bouwde zeven orgels in Fryslân: Reduzum (1785, later gewijzigd), Sloten (1786, met gebruikmaking van een eerder orgel van Jan Harmens), Warga (1787, in 1870 gesloopt), Heerenveen (1790, in de 21e eeuw naar Spanje verhuisd), Jorwert (1799), Marssum (1803) en Hallum (1811, thans in restauratie).

Het orgel van Jorwert kreeg nieuwe klavieren in 1913. In 1956 werd het instrument gerestaureerd door W. van Leeuwen. Die bracht een nieuwe vinding, de VEKA-lade, in het orgel aan. Het pijpwerk behandelde hij met groot respect. Volgens Jellema is het orgel als geheel goed bewaard gebleven. Het Van Gruisen-pijpwerk is nog integraal en niet-geretoucheerd aanwezig. De VEKA-lade die Van Leeuwen in tientallen orgels in het hele land installeerde en die vrijwel overal tot klachten leidde, functioneert in Jorwert al bijna zestig jaar zonder problemen. Overleg met Bakker & Timmenga en met orgeldeskundige Rudi van Straten van de Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed heeft dan ook tot de beslissing geleid om de VEKA-lade in Jorwert te laten zitten. De restauratie richt zich met name op het herstel van de kas en de optimalisering van de speelaard en registreerbaarheid. Het pijpwerk hoeft alleen herstel waar sprake is van beschadigingen. De intonatie van beide tongwerken, sterk verlopen na zestig jaar, zal weer op orde worden gebracht. De werkzaamheden kunnen beginnen zodra de benodigde middelen bijeen zijn gebracht. Het bestuur van de Stichting Alde Fryske Tsjerken heeft besloten om zelf maximaal 10% van de kosten bij te dragen uit het Orgelfonds dat in 2013 kon worden gesticht dankzij een grote gift van een donateur uit Leeuwarden. De Stichting Alde Fryske Tsjerken liet eerder de orgels van Sint-Jacobiparochie (1983), Blessum (1995), Terband (2003), Hegebeintum en Zweins (2004) en Boksum (2011-2013) restaureren.