In 2011-2012 werd het orgel in de Martinuskerk van Boazum gerestaureerd door de orgelmakerij Bakker & Timmenga uit Leeuwarden. Dit is één van de redenen waarom Boazum in de voorjaarsexcursie van de Stichting Organum Frisicum is opgenomen. Een andere reden is dat het orgel van de twaalfde-eeuwse Martinuskerk te Boazum altijd als een belangrijk Fries orgel beschouwd is. De historie van de voorbereiding van de bouw van het orgel van Boazum tot de ingebruikneming ervan is bijzonder. Op 13 december 1783 werd het contract met de orgelbouwer Gottlieb Heineman getekend. Heineman begint ook aan het werk, maar vanaf juni 1785 worden de werkzaamheden door Rudolf Knol overgenomen. Heineman is een tamelijk raadselachtige figuur. Toen de Boazumers contact met hem hadden, woonde hij - volgens een advertentie in de Leeuwarder Courant - in Leeuwarden. Als de contacten met hem verbroken worden, schijnt hij naar Amsterdam te gaan. Waar Heineman vandaan kwam weten we niet, evenmin is bekend hoe zijn leven - nadat hij naar Amsterdam zou zijn vertrokken - verder is verlopen. Van Rudolf Knol is veel meer bekend. Hij werd geboren in Ost-Friesland rond 1759. Als jongeman werkte hij als knecht van Dirk Lohman (Emden). Hij verhuist naar Friesland in 1785 en is dan korte tijd knecht van Heineman. Als zelfstandig orgelmaker wijdt hij zich aan onderhoud en nieuwbouw. Van zijn capaciteiten getuigen niet alleen het orgel van Boazum, maar ook de instrumenten van Wiuwert (1788), Zwartsluis (1797), het Gelderse Oosterwolde (1800) en Hasselt (1806). Knol overlijdt in 1818 op 59-jarige leeftijd te Hasselt.

Knol heeft zich in Boazum niet beperkt tot het voltooien van een door Heineman begonnen instrument, maar hij heeft het concept naar zijn hand gezet. Onder meer wordt het vulstemmenbeeld gewijzigd (bij Heineman heeft het Hoofdwerk een Mixtuur en een Cornet, bij Knol alleen een Mixtuur; bij Heineman heeft het Rugwerk een Sexquialter, bij Knol een Mixtuur). Ook verandert de tongwerkbezetting op het hoofdwerk (die is bij Heineman Trompet 8vt en Vox Humana 8vt, bij Knol Basson 16vt en Vox Humana 8vt). De balustraden en de kassen van het Boazumer orgel zijn gemaakt door C. Eisma. Het prachtige snijwerk is van Frans Twentrop, die ook voor het snijwerk in Wiuwert tekende. Het beeldwerk op de eiken orgelkassen werd uitgevoerd door de uit Italië afkomstige, maar in Leeuwarden gevestigde, beeldsnijder Antonio Solaro. Pas zes jaar later is het orgel klaar: op 29 juli 1791 wordt het in gebruik genomen.

In 1842 en 1843 wordt aan het orgel gewerkt door P.J. Radersma uit Wiuwert. Wat hij heeft gedaan is niet helemaal duidelijk. In een dispositieopgave van 1857 heeft het orgel op het Hoofdwerk een Prestant 16vt discant en op het Rugwerk een Prestant 8vt discant. Het vermoeden bestaat dat deze pijpenrijen oorspronkelijk ‘meeliepen’ met respectievelijk de Hoofdwerk-Prestant 8vt en de Rugwerk-Prestant 4vt. Misschien heeft Radersma ook de samenstelling van de Hoofdwerk-Mixtuur veranderd. Zeker is dat hij de Rugwerk-Mixtuur verwijderde en verving door een Viola di Gamba 8vt. In 1861 worden werkzaamheden verricht door L. van Dam. Die resulteren onder meer in het vermaken van de Vox Humana op het Hoofdwerk tot een Trompet 8vt. De meest ingrijpende verandering ondergaat het orgel als Bakker & Timmenga er in 1911 aan werkt. Van de mechaniek wordt vervangen wat versleten is (draadwerk, winkelhaken); de oude balgen ruimen het veld voor een magazijnbalg en de schuifkoppel wordt veranderd in een koppel met knop. Maar ook het pijpwerk wordt onder handen genomen. Dat resulteert in het opschuiven van pijpen, aanbrengen van expressions en bijmaken van nieuwe pijpen, maar ook in dispositiewijzigingen: de vermoedelijk door Radersma zelfstandig gemaakte discantprestanten verdwenen, de Fluit travers 8vt van het Hoofdwerk stond zijn plaats af aan een Viola 8vt en de Nasart 3vt van het Rugwerk week voor een Viola 4vt. De frontpijpen werden bestreken met aluminiumverf.

Minder ingrijpende werkzaamheden worden uitgevoerd in 1940 door Vaas en Bron (demontage en herplaatsing binnenwerk in het kader van de kerkrestauratie) en in de jaren ‘60 door Wim Eppinga. Een deelrestauratie van het orgel vindt plaats in 1986. Orgelmakerij Bakker & Timmenga herstelt de windvoorziening en de hoofdwerklade. Toegevoegd wordt de mogelijkheid de registerknoppen van de beide zestienvoetsregisters van het Hoofdwerk in twee standen te gebruiken, waardoor men kan kiezen voor het klinken van deze registers over het gehele klavier of slechts van C tot c. Deze werkzaamheden werden uitgevoerd onder advies van Klaas Bolt. In 2002 komt een rapport van de hand van Jan Jongepier gereed. Het bevat aanvullingen op het rapport van Bolt uit 1975 en brengt in kaart hoe de tweede fase van de restauratie gestalte zou kunnen krijgen. Deze tweede restauratiefase krijgt zijn beslag in 2011 en 2012 en wordt uitgevoerd door Orgelmakerij Bakker & Timmenga te Leeuwarden. Aanvankelijk treedt Jan Jongepier op als adviseur. Nadat ziekte dit hem onmogelijk maakt, wordt zijn taak overgenomen door Theo Jellema.

De restauratiewerkzaamheden van 2011-2012 kunnen op hoofdlijnen worden aangeduid met ‘herstel van uitdrogingsschade en de dispositiewijzigingen in de twintigste eeuw’. Daarnaast is het orgel (voor zover dit in het kader van de eerste fase nog niet gebeurde) technisch geheel gerestaureerd. Dit behelsde herstel dan wel reconstructie van de orgelkassen, de kanalen en de tremulanten, aanvulling van beenbeleg op de klavieren, het maken van een nieuw pedaalklavier, het opnieuw bekleden van de orgelbank, het reviseren en terugbrengen in de stijl van Knol van de mechanieken en geheel nieuw maken van de pedaalmechaniek. De schuifkoppel keert terug. Van reconstructie van de vier spaanbalgen is afgezien; de magazijnbalg uit 1911 is gehandhaafd. De dispositie is waar mogelijk hersteld naar de situatie 1791. Op het Rugwerk zijn daarom de Quint 3vt (de door Eppinga opgeschoven Viola 4vt van 1911) en de Viola di Gamba 8vt (Radersma, 1843) ‘ingeruild’ voor een nieuwe Nasart 3vt en Mixtuur. Op het Hoofdwerk verdween de Viola 8vt uit 1911. Deze Viola had de plaats ingenomen van een Fluit travers 8vt. Omdat niet bekend is hoe Knol dit register maakte, is ervoor gekozen op deze sleep de waardevolle Viola di Gamba 8vt, die Radersma voor het Rugwerk maakte, te plaatsen. Het groot octaaf is aangevuld. De hoofdwerkmixtuur herkreeg zijn oorspronkelijke samenstelling (geheel 5 sterk, was vóór de restauratie 2-3-4 sterk), die uit sporen te reconstrueren bleek te zijn. De niet meer aanwezige discantprestanten op Hoofd- en Rugwerk (respectievelijk 16vt en 8vt) zijn niet gereconstrueerd. De frontpijpen zijn van aluminiumverf ontdaan en nu met tinfolie beplakt; de labia zijn opnieuw verguld. Het snijwerk van het orgel is gerestaureerd door Tico Top, schilderwerk is verricht door Ane Lanting. De oorspronkelijk aanwezige toonhoogte van het orgel (in het ingebruiknemingsverslag in de ‘Boekzaal’ als ‘Choortoon’ vermeld) was in 1911 of eerder ‘genormaliseerd’, en is nu vastgesteld op 457 Hz bij 16 graden Celsius. Een groot aantal pijpen kreeg daardoor als vanzelf zijn goede plaats terug. Een verrassing bleek de aanwezigheid van de registernamen op de door Van Dam in 1861 aangebrachte plaatjes. Deze plaatjes bleken in 1940 niet te zijn vervangen, zoals lang was gedacht, maar alleen te zijn overgeschilderd. Gekozen is voor het verwijderen van de overschildering. Omdat de aanwezigheid van deze plaatjes pas laat werd vastgesteld, zal het nog even duren voordat de Van Dambelettering terugkeert (met de wijzigingen die door het dispositieherstel noodzakelijk zijn geworden). De in de ‘Boekzaal’ beschreven situatie (“De Registers Knoppen zyn van zwart Ebbenhout, en aan ’t einde van dezelve zyn op Tinnen Plaatjes de namen der Registers ingegraveert”) keert dan ook niet terug.

Op feestelijke wijze werd vrijdag 6 juli 2012 het weer fraai klinkende instrument opnieuw in gebruik genomen.