In 1871 bouwde de in Alkmaar gevestigde orgelmaker Lodewijk Ypma een orgel met twee klavieren en aangehangen pedaal voor de rooms-katholieke Sint-Jacobuskerk in Akersloot, een neogotisch kerkgebouw dat in de jaren 1867-1868 was ontworpen door de Amsterdamse architect Th. Asseler. Het instrument beschikte over een hoofdwerk en een er boven geplaatst positief. De kas van dit orgel was evenals de kerk neogotisch en vervaardigd door Frans Kuijpers die werkzaam was in het atelier van Louis Veeneman te ‘s-Hertogenbosch. Kunstdraaier C. Fischer te Amsterdam draaide de registerknoppen en porseleinschilder Jos Hooghard, eveneens te Amsterdam, leverde de beschilderde registerplaatjes. Op een onbekend moment, vermoedelijk in de periode 1910 – 1930, verving men de Quintfluit 3 vt door een Voix Céleste 8 vt. In 1962 voerde Vermeulen te Alkmaar een restauratie uit. Hij verving de oorspronkelijke magazijnbalg door een nieuwe, kleinere balg, herstelde de windladen en voorzag deze van telescoopveren, verving de loden conducten door flexibele exemplaren. Het instrument werd naar achteren verplaatst waarbij de achterwand werd verwijderd. De Voix Céleste 8 vt verving hij door een Quint 11/3 vt en aan de dispositie werd een Dulciaan 8 vt toegevoegd. Toen men tien later in Akersloot helaas besloot de kerk van Asseler te vervangen, werd het Ypma-orgel bij Vermeulen opgeslagen in afwachting van plaatsing in de nieuwe kerk. In het nieuwe kerkgebouw (ontworpen door N.L. de Bruijn en in 1972 opgeleverd) bleek echter geen plaats voor het instrument en de parochie moest er noodgedwongen afstand van doen.
In 1975 plaatste deze orgelbouwer het orgel in Sint-Nicolaasga in plaats van het Vermeulen-orgel uit 1922 (dat op zijn beurt in de plaats van het Adema-orgel uit 1858 was gekomen). Bij die gelegenheid werd het Ypma-orgel uitgebreid met een vrij pedaal en wisselde men de Quint 11/3 vt van het Positief in voor een Flageolet 1 vt. Vanwege de geringe breedte van de boog die de verbinding vormt tussen de toren en het schip onderging de onderkas enkele aanpassingen en moest de klaviatuur worden verplaatst, waarbij de mechanieken aan de nieuwe situatie werden aangepast.
Vanaf het begin was de klankuitstraling van het orgel op zijn nieuwe locatie onbevredigend. Vier jaar na de plaatsing werd de naar 70 mm. verlaagde winddruk verhoogd naar 85 mm. en voerde Vermeulen

een herintonatie uit. Dit leidde niet tot het gewenste resultaat. In 1989 vervaardigden vrijwilligers uit de parochie, onder de bezielende leiding van Johan Kuipers en onder toezicht van orgelmakerij Bakker & Timmenga, een houten omtimmering die niet alleen een afscherming tussen torenkamer en kerkschip vormde, maar ook de klank van het hoog opgestelde instrument moest bundelen. Tevens voorzagen ze de kas van een nieuwe achterwand en een nieuw dak ter vervanging van het triplex en spaanplaat uit 1975.
Ondanks enige verbetering bleef de klank onvoldoende draagkrachtig. Ook nu was het Johan Kuipers die dit onderwerp regelmatig onder de aandacht van het parochiebestuur bracht. Grootste struikelblok vormde niet alleen het verkrijgen van subsidie, maar ook de vraag wat ten grondslag lag aan de slechte klankuitstraling. Toen zich na enige decennia opnieuw een restauratie aandiende wegens lekkage in de windladen, vormde dat de gelegenheid het instrument ook qua klank zijn oude karakter te hergeven. Dr.Ir. Wim Raven verrichtte een akoestisch onderzoek en kwam met enkele, redelijk gemakkelijk uitvoerbare aanbevelingen die zijn opgevolgd. Na vergelijking van verschillende offertes kreeg orgelmakerij Bakker & Timmenga te Leeuwarden de opdracht tot restauratie. Enige proeven met herintonatie bevestigden de gekozen restauratieprocedure.

Het hele instrument werd in- en uitwendig grondig gereinigd, de windladen werden weer winddicht gemaakt en ontdaan van de telescoophulzen. De flexibele conducten zijn vervangen door loden exemplaren. Er is een goede gebruikte balg van voldoende inhoud geplaatst, klaviatuur en mechaniek zijn gereviseerd en opnieuw afgeregeld, de kas is, waar nodig, hersteld en opnieuw in de was gezet. De Flageolet uit 1975 is vervangen door een qua factuur en mensuur passende Quintfluit 3 vt en de intonatiewijzigingen die de overige pijpen in 1975 hadden ondergaan werden ongedaan gemaakt. Het resultaat is niet alleen een zichtbare verbetering van het uiterlijk, maar vooral een hoorbare verbetering van de klank, die thans veel beter uitstraalt naar beneden in de kerk en het schip nu voldoende vult.

Hoofd-Manuaal (onderklavier, C-f3) Bourdon 16, Prestant 8, Holpijp 8, Salicet 8 (C-H in Prestant 8), Octaaf 4, Fluit 4, Quint 3, Octaaf 2, Mixtuur 3-4 sterk, Cornet 4 sterk, Trompet 8

Bovenwerk (bovenklavier, C-f3): Prestant 8 (C-E in Bourdon 8), Bourdon 8, Viola di Gamba 8, (C-H in Bd 8), Roerfluit 4, Quintfluit 3, Speelfluit 2, Dulciaan 8 (1962), Tremulant

Pedaal (C-d1 (oorspronkelijke C-c¹)): Subbas 16 (1922, afkomstig uit het voormalige Vermeulen orgel van deze kerk), Prestant 8 (ca. 1900, geleverd in 1975), Octaaf 4 (ca. 1900, geleverd in 1975), Bazuin 16 (1975). Manuaalkoppel; Pedaalkoppel (aan Hoofdwerk)