Het dorp Nijland ontstond in de 13e eeuw in het zuidelijke deel van de drooggevallen Middelzee. Mogelijk stond er eerst zuidelijker dan de huidige locatie een godshuis. In een apocriefe kroniek wordt de bouw van een kerk op basis van een sage gedateerd in het jaar 1275: boeren wilden op het nieuwe land een kerk bouwen. Driemaal achtereen begonnen ze daarmee, maar steeds werd hetgeen ze overdag hadden opgetrokken ‘s nachts weer afgebroken. Tenslotte zagen ze daarin Gods hand. Ze besloten door middel van een godsgericht de bouwplaats van de kerk vast te stellen. Twee ossen werden voor een wagen met bouwmaterialen gespannen en daarna werden ze het land in gejaagd. Waar men ze de volgende dag zou vinden, zou de kerk verrijzen. Men vond de ossen met brandende waskaarsen tussen de hoornen in een rietpoel. Daar werd de kerk gebouwd. De toren is een overblijfsel van de oorspronkelijke kerk. Aanvankelijk was de toren lager dan de huidige van ruim 50 meter en de toren moet een zadeldak gehad hebben. De twee series galmgaten vormen een aanwijzing voor de verhoging die nodig was na de bouw van een nieuwe kerk. Mogelijk heeft deze verhoging de verzakking van de toren veroorzaakt. In 1866 hing het bouwwerk ruim anderhalve meter uit het lood. Er werden al afbraakplannen gemaakt, maar naar het plan van een plaatselijke timmerknecht werd de toren tenslotte onder leiding van architect Albert Breunissen Troost in zijn geheel recht gezet. Een complete restauratie van de toren vond in 1986 plaats in opdracht van de gemeente Wymbritseradiel, eigenares van de toren.

De 13e-eeuwse kerk werd in de jaren 1518 tot 1524 vervangen door de huidige, die grotendeels werd gebouwd met het afbraakmateriaal van de eerste. In de noordmuur bleven behoorlijk wat restanten van de oude kerk bewaard. Het ruime laatgotische gebouw is opgetrokken uit gele en rode baksteen, meest van het kloostermopformaat. In 1819 en 1842 zijn herstellingen aan de steunberen verricht in kleine gele steen. De grote gotische vensters hebben houten kozijnen en een roedeverdeling uit 1827. In de dichtgemetselde koorvensters zijn restanten bewaard gebleven van stenen vorktraceringen. Het muurwerk van de kerk wordt verlevendigd door een geheel omgaand natuurstenen waterlijst, die ook om de steunberen heen loopt en die grotendeels van zandsteen is. De nog in gebruik zijnde toegangen tot de kerk dateren van omstreeks 1600. De zuiddeur heeft een jongere natuurstenen bekroning uit 1664. Twee consoles met wapenschilden (van Burmania en Doys) en een engelenkopje dat een hoofdgestel draagt en een timpaan met hoornen des overvloeds. Naast de noorddeur bevinden zich de restanten van een dichtgemetselde oudere toegang, waarboven zich een beeldnis bevindt. In de noordmuur zijn ook de sporen te onderkennen van een nis voor een kerkhoflicht en van een hagioscoop. De laatste heeft achter metselwerk verborgen romanogotische profileringen. De priesterdeur in het koor heeft een omlijsting van geprofileerde baksteen.

De kerk is omgeven door een omgracht kerkhof. Een deel van de kerkgracht is het restant van een oude Middelzeeslenk. Aan de overzijde van de gracht ligt de pastorie, de enige voorreformatorische pastorie die in Friesland nog als zodanig in gebruik is. Het zuidelijk deel van dit pand is 16e-eeuws, het noordelijke deel dateert uit 1787. Uit dat jaar bezit het nog een ingangspartij met gesneden pilasters en gepolychromeerde wapenschilden. Ten noorden van de kerk ligt het gerestaureerde vicarishuis. Dit dateert in oorsprong uit de 16e eeuw en werd – net als grotendeels de huidige kerk – opgetrokken uit afbraakmateriaal van de eerste kerk. De topgevel van kleine gele steen is aangebracht in 1800. Het pand heeft tot 1817 dienst gedaan als dorpsschool en daarna nog als onderwijzers- en kosterswoning. Het belendende perceel is de in 1859 gebouwde, voormalige dorpsschool. Eveneens ten noorden van de kerk ligt de oude pastorieboerderij, in zijn huidige gedaante daterend uit 1891. Aan de oostzijde staan het voorhuis van een voormalige kerkboerderij (1785) en de voormalige openbare school (1884). De fraaie kop-hals-rompboerderij ten zuiden van de kerk was vroeger bezit van de Kruizenbroeders en later van het Old Burger Weeshuis te Sneek. Het voorhuis dateert van 1832, de schuur van 1868.

De aanblik van het kerkinterieur wordt bepaald door de 19e-eeuwse restauraties. Reeds voor de hervorming was het koor van het kerkschip gescheiden door een koorhek. Een dergelijk hek bleef er tot 1840. Toen werd de kansel van de zuidmuur van de kerk verplaatst naar dit hek aan de oostzijde. Het werd grotendeels weggetimmerd en in 1862 werd de opening tussen het hek en het gewelf gedicht. Het monumentale stucinterieur werd naar een ontwerp van architect Albert Breunissen Troost in de jaren 1870 – 1872 aangebracht.

De preekstoel, met op de hoeken getordeerde pilasters en met gekorniste panelen, dateert van 1659. De letters S.P.Q.N. op het rugschot staan voor: Senatus Populus Que Novae Terae (= bestuur en bevolking van Nijland). Het bij de preekstoel horende doophek is in 1968 verwijderd, maar in de bovenconsistorie bewaard gebleven. Tegelijk met de preekstoel moet de voorname pei (‘scheidingswand’) onder het orgel zijn ontstaan. Het 17e-eeuwse doopvont staat op een stander uit 1968. Uit dat jaar dateert ook de avondmaalstafel. De lezenaar is van 1975. In een venster in de zuidmuur zijn twee gebrandschilderde ruitjes van Gerrit Vredeman uit 1617 aanwezig. De daarop geschilderde ossen beelden de sage aangaande de bouw van de eerste kerk uit. Voor de kansel ligt een aantal grafzerken. Eén ervan behoort tot de fraaiste en meest bijzondere die in Friesland bewaard zijn gebleven. Het is de portretzerk van pastoor Keimpo (of Kempo) Hottinga, die in 1535 stierf.

Na herstel van het kerkinterieur in 1968 vond van 1981 tot 1982 een ingrijpende kerkrestauratie plaats onder leiding van de architect S. Lautenbach. De werkzaamheden die 1,6 miljoen gulden vergden, omvatten met name bouwtechnisch herstel van het exterieur (kap, muren en vensters) en de herinrichting van de koorruimte, die in 1817 als school werd ingericht en thans gedeeltelijk als consistoriekamer dienst doet. In de hier gereconstrueerde plavuizenvloer ligt onder andere een door Vincent Lucas vervaardigde zerk boven de grafkelder van Hottingastate.
De bij de restauratie in het koor gecreëerde verdieping biedt de mogelijkheid het 16e-eeuwse tongewelf van dichtbij te bekijken. In de verdiepingszaal zijn het 17e-eeuwse doophek, een 18e-eeuwse doodsbaar met geschilderde spreuken en een predikantenbord uit 1901 opgesteld. Na de torenrestauratie in 1986 werd al gauw het desastreuze werk van de bonte knaagkever in het eikenhout van de dakconstructie duidelijk. Bestrijding was technisch een welhaast onmogelijke klus. Er dreigde na verloop van tijd zelfs instortingsgevaar. In 2008 ving daarom een totale restauratie aan, die – samen met de orgelrestauratie (zie de Friese Orgelkrant 2009) – ruim een miljoen euro kostte.
Vóór de Reformatie, die in Friesland in 1580 werd doorgevoerd, vonden de missen in de kerk van Nijland plaats aan het hoofdaltaar, gewijd aan Sint Nicolaas, aan het Maria-altaar en aan het Sint-Catharina-altaar. In de roerige begintijd van de Reformatie was Gellius Snecanus de eerste protestantse predikant van Nijland. Zijn bijnaam was de 'hervormer van Friesland'. Daarna vond er tweeëneenhalve eeuw lang in Nijland weinig opvallends plaats. In 1883 kwam ds. Jan Hendricus Guldenarm, die van 1859 tot 1877 in Oosthem had gestaan, naar Nijland. Daarmee kreeg Nijland een rechtzinnige predikant, die tot het Friese Reveil behoorde. Na hem kreeg Nijland in 1888 een voorganger van formaat: dr. Philippus Jacobus Hoedemaker. Deze theoloog bedankte vanwege een conflict met Abraham Kuyper voor zijn professoraat aan de Vrije Universiteit te Amsterdam. Een beroep naar de toen rijke hervormde gemeente van Nijland was voor hem en zijn grote gezin een uitkomst. Na twee jaar vertrok hij alweer, maar Nijland bleef in zijn geest confessioneel. Na de Tweede Wereldoorlog werd de signatuur van de hervormde gemeente in Nijland die van 'middenorthodox' en de leden voelden zich sindsdien 'gewoon hervormd'. De samen-op-weg-gedachte was er nooit een probleem. Hoewel er geen gereformeerde kerkgemeente in het dorp ontstond, rees tegen het beroepen van een gereformeerde predikant geen enkel bezwaar. Thans is de hervormde gemeente omgevormd tot een protestantse gemeente binnen het verband van de PKN.

In 1733 volgde Folkert Jans Reitsma zijn vader op als schoolmeester in Nijland. Hij voorzag in zijn levensonderhoud ook met het onderhoud van uurwerken, met schilder- en verguldwerken én met het herstellen van oude en het bouwen van nieuwe orgels. In zijn boekje met orgeldisposities uit 1788 noemt Nicolaas Arnoldi Knock hem als bouwer van de orgels in Abbega en Woudsend. Folkert Jans Reitsma deed verder onderhoudswerk aan het orgel in de Martinikerk van Franeker en aan de orgels in Burgwerd en Hichtum. Herstelwerkzaamheden voerde hij tussen 1752 en 1768 uit aan de orgels in Britswert, IJlst, Blessum en Boksum.
In zijn 'eigen' kerk te Nijland bevond zich geen orgel, pas in 1840 zou de kerk een orgel krijgen.
Daarom bleef zijn rol beperkt tot die van voorzanger.Als eind jaren dertig van de 19e eeuw door de kerkelijke gemeente van Nijland wordt besloten een orgel aan te schaffen, aarzelt men over de wijze van financiering. Een orgel dat paste bij 'de grootte en het aanzien der kerk' zou fl. 4000,00 moeten kosten. Men besluit fl. 2500,00 uit de kerkvoogdijkas ter beschikking te stellen. Daarnaast werd een commissie ingesteld die het resterende bedrag bijeen moest zien te krijgen. Een inzamelingsactie onder de inwoners van Nijland leverde fl. 677,50 op. Onvoldoende dus. Daarop werd een bedrag aan de kerkenraad gevraagd. In een tijd dat de diakenen nogal beknibbelden op hun ondersteuning van hulpbehoevenden en noodlijdenden, werd nota bene fl. 1000,00 uit de diaconiekas voor het orgel geschonken! De commissie rapporteert dat zij daarna uit de tekeningen en begrotingen van diverse ervaren en bekende orgelmakers heeft gekozen voor de offerte van W. van Gruisen.

Het 'contract tot levering van een nieuw orgel met deszelfs kasten, snijwerk, verwen, vergulden en alle benoodigde materialen in de kerk van de Hervormde Gemeente te Nieuwland' bestaat uit 18 artikelen, waarin de omvang, kosten etc. van het instrument worden aangegeven. Zo wordt in artikel 1 de dispositie vermeld. Artikel 2 luidt: 'Het orgel zal aan de regterzijde bespeeld worden'. In artikel 3 komen de blaasbalgen aan de orde, in artikel 8 de clavieren en in artikel 9 het aangehangen pedaal. In artikel 18 wordt tenslotte de prijs van het orgel vermeld: drieduizend zevenhonderd vijftig gulden, te betalen in twee gelijke termijnen. Het contract is door de zeven leden van de orgelcommissie (als vertegenwoordigers van de kerkelijke gemeente) en door W. van Gruisen ondertekend op 1 oktober 1838. Blijkens een advertentie in de Leeuwarder Courant van 19 juni 1840 is het nieuwe orgel feestelijk ingewijd op de 14e juni van dat jaar.

De belangstelling voor de inwijding was groot. Er waren in de kerk onvoldoende zitplaatsen en er moesten daarom voor fl. 4,44 aan stoelen bij koster De Way van de Bolswarder Martinikerk worden gehuurd. De dank van de orgelcommissie aan Willem van Gruisen was groot, want deze deed – zoals uit de advertentie in de Leeuwarder Courant blijkt – meer aan het orgel dan waar hij contractueel toe verplicht was. Daarom kreeg Willem van Gruisen van de orgelcommissie een zilveren tabaksdoos 'voorzien met het blijk harer goedkeuring en tevredenheid'. Na de inwijding van het orgel traden ook een nieuwe organist en balgentreder aan. De bouwer van het orgel, Willem van Gruisen, was de tweede zoon van orgelbouwer Albertus van Gruisen. Toen deze in 1824 overleed, volgde Willem van Gruisen (1788 – 1843) zijn vader op. Vader en zoon hebben Friesland verrijkt met een groot aantal orgels van een bijzondere klankschoonheid. Door Willem van Gruisen zijn zeven nieuwe kerkorgels gebouwd. Daarvan zijn er drie verdwenen: Sneek (1834), Makkum (1839) en Pietersbierum (1841). De familie Van Gruisen was rooms-katholiek en hun orgelmakerij, die in Leeuwarden was gevestigd, moest dus wel concurrerend werken om in het overwegend protestantse Friesland opdrachten te verkrijgen. Opzet van de instrumenten, vormgeving en versiering van hun orgelkassen hebben een eigen karakteristiek. Het orgel van Nijland verraadt ook die karakteristieke eigenheid. Om in de hoge kerkruimte een orgel van voldoende allure te realiseren, koos de orgelbouwer in Nijland voor een opzet met hoofdwerk en onderpositief. Vader Albertus had in 1811 al voor een dergelijke opzet gekozen bij de bouw van het orgel voor de doopsgezinde kerk in Harlingen. In de Maartenskerk te Kollum bouwde Willem van Gruisen een welhaast identiek orgel aan dat van Nijland. Het orginele front van het onderpositief van het orgel te Jutrijp (1836) is bij de overplaatsing naar IJlst verdwenen. Het zevende orgel van Willem van Gruisen bevindt zich in Oosthem (1838).

Hoofdwerk, C - f'''  Bourdon 16, Prestant 8, Holpijp 8, Octaaf 4, Fluit d'amour 4, Quint 3, Octaaf 2, Mixtuur 3-4 st., Trompet 8 B/D

Onderpositief, C - f'''  Fluitdoux 8 B/D, Viola di Gamba 8, Prestant 4, Roerfluit 4, Woudfluit 2

Pedaal, C - h  Aangehangen

Werktuiglijke registers  Koppelingen: HW - OP, HW - Ped, 2 afsluiters, Tremulant, Ventiel

Toonhoogte: a1 = 440 Hz, Winddruk: 70 mm

De hervormde kerk in Burgwerd stamt vermoedelijke uit de 13e eeuw en is gewijd aan Sint-Johannes. Johannes de Doper of Johannes, de evangelist, dat is onbekend. In 1515 werden Burgwerd en de wijde omgeving van het dorp platgebrand door de 'Zwarte Hoop'. Waarschijnlijk is de kerk toen ook grotendeels verloren gegaan. Hierna is de kerk herbouwd, terwijl van 1724 tot en met 1726 een grootscheepse verbouwing van de kerk heeft plaats gehad, waarbij de kerk in hoofdlijnen zijn huidige vorm kreeg. Vermoedelijk zijn de muren toen (deels) ommetseld en de vensters vergroot. Het interieur werd ontworpen door Claes Bockes Balck, stadstimmerman van Leeuwarden. Het houtwerk binnen werd aangebracht door Rinse Wobbes. Feike Wobbes voerde het metselwerk uit, zowel buiten als in de kerk bij de grafkelder van de Ockinga's. De preekstoel wordt met uitzondering van de bekleding niet in de kerkrekeningen genoemd. Op de preekstoel werd een koperen arm met zandloper aangebracht. Het verfwerk werd verricht door N.Y. Langies of Langius en decoratief snijwerk werd aangebracht door Jaan Oenema uit Leeuwarden. Jaan Oenema tekende ook voor het snijwerk aan de pei. Het lofwerk aan het orgel is zo goed als zeker vervaardigd door Jacob Sijdses Bruinsma. De detaillering van dit lofwerk en van de grafzerk vóór het orgel vertonen grote overeenkomt.
Om voor het nageslacht vast te leggen onder welk kerkbestuur alle werkzaamheden waren verricht, lieten dominee Henricus van Thoon en vier kerkvoogden een memoriebord met hun naam en familiewapen en daaronder een gedicht vervaardigen. Het bord bevindt zich achter in de kerk samen met een 'wetbord', voorstellende Mozes en de tien woorden. In het voorjaar van 2000 is ontdekt dat aan de achterzijde van het wapenbord zich een schildering van een 'roomse Mozes', dat wil zeggen met hoorntjes voorkomt. Hoogstwaarschijnlijk is het bord met de tien woorden op de achterkant van het wapenbord gespijkerd geweest en was het oorspronkelijk opgesteld op de plaats waar in 1735 het orgel kwam: de zijde met 'de Wet' gekeerd naar de kerk en die met historische gegevens naar de voorkerk. Toen men dit bord van de achterkant verwijderde, is er kennelijk een nieuwe Mozes op geschilderd.
De oorspronkelijke toren van de kerk was blijkens een prent uit omstreeks 1700 achtpuntig en had een spits. In 1816 is de toren verbouwd en heeft sindsdien een "spitsbekroning". De ingang bevindt zich aan de noordelijke kant van de kerk, en ook heeft de kerk maar één wijzerplaat, eveneens aan de noordelijke kant. Dat heeft te maken met het feit dat de kern van het dorp zich ten Noorden van de kerk bevindt. Voor de Tweede Wereldoorlog had de kerk van Burgwerd twee klokken. Een kleine, gegoten in 1512, en een grote. De grote is gegoten in 1656 en is na de WO II niet meer teruggekeerd.

Een orgel kreeg de kerk in 1726 niet. Voor die tijd had men zich soms met een positiefje gered. Pas in 1735 kwam er een orgel. Het initiatief ertoe ging uit van de student Klaas (of Claes) Grons. Hij overleed echter in 1734 op 20-jarige leeftijd, waarna zijn moeder Ydtje Buwalda de Leeuwarder orgelbouwer Johann Michael Schwartzburg bereid vond op haar kosten het orgel te bouwen.
De kerk is twee opvallende grafzerken rijk. Midden in het kerkpad vindt men een grote zerk, vol met randschriften van verschillende grootte, onder andere met de namen Jacob, Hiette, Rein, Willem, Claes en Reinier Grons. Deze zes broers zijn allen gestorven tussen 1723 en 1735. In het middenvak wordt vader Adrianus Grons herdacht, "in leeven Bysitter en Mederechter over Wonseradeel, oudt in 't 54ste jaer" (overleden op 14 juni 1726) en de moeder van de zes, "de Eerbare en Deugtrycke Ydtje Buwalda, in leeven egtgenoot van Adrianus Grons, oudt 76 jaaren" (overleden op 31 aug 1755). Eén van deze zerken – die vóór het orgel – is gemaakt door Jacob Sijdse Bruinsma uit Leeuwarden. Sytse ten Hoeve, deskundige op het gebied van Friese kerkinterieurs, heeft de rekening voor de vervaardiging ervan gevonden.
Een andere zerk, in het koor, hoort toe aan de bewoners van Donia state, waar onder andere het geslacht Ockinga woonde. Deze zerk werd in 1550 gehouwen door Vincant Lucasz uit Franeker. De latijnse tekst is uit Jesaja 40: alle vlees is gras en al zijn goedertierenheid is als een bloem op het veld.
Het orgel werd dus niet door de kerkvoogdij aangeschaft. De bekostiging ervan komt dan ook niet in de kerkboeken voor. Op een tekstbord op de orgelbalustrade staat het volgende: 'De begeerte van Klaas Grons om dit orgel te stichten wierdt door zijne moeder Yttje Buwalda in 't jaar 1735 volbracht'. Daaronder wordt vermeld: 'Anno 1714. Klaas Grons, die eed'le mens is in dit jaar geboren, Diens wil was, in zijn tijd, dat men voor tempelkoren, Dit speeltuig stichten zou, waarmee de zang zich paard; Hij stierf helaas zo vroeg, slechts twintigmaal verjaard. De moeder, die deez' zoon met rechte liefd' vereerde volbracht met ware vreugd, hetgeen haar zoon begeerde. God geef, dat dit geschenk dan lang dien lof verwekt, Die aan den gever dank en God tot eer verstrekt'

Onder deze tekst, direct boven de toegangsdeuren naar de kerkzaal, worden de orgelmaker Schwartzburg en latere restaurateurs (Van Dam, 1822, met vermelding van de verantwoordelijke kerkvoogden) vermeld.

Het bord waarop orgelmaker Reil en de kerkvoogden genoemd worden, die voor de orgelrestauratie van 1948 verantwoordelijk waren, bevindt zich op de galerij schuin achter het orgel.

Het instrument had in eerste aanleg één manuaal. In 1822 werkten de gebroeders Van Dam uit Leeuwarden aan het orgel. In 1948 vond een grote restauratie door de firma Reil uit Heerde plaats. Het orgel werd toen tevens met een aantal nieuwe stemmen uitgebreid, zodat er een tweede manuaal kwam. De orgelkast werd naar achteren aanzienlijk vergroot.

Manuaal  Prestant 8, Holpijp 8, Octaaf 4, Quint 3, Octaaf 2, Mixtuur 2-3 st., Cornet D 3st., Trompet B/D 8

Nevenwerk  Quintadeen 8, Prestant 4, Roerfluit 4, Nachthoorn 2, Ruispijp 2st., Kromhoorn 8

Pedaal  Subbas 16, Octaafbas 8

Werktuiglijke registers  Manuaalkoppel, 2 pedaalkoppels

De orgelbouwer Schwartzburg was afkomstig uit Duitsland. Over de eerste jaren van zijn leven is weinig bekend. Hij werd geboren in Eigenrieden, een dorp nabij Mühlhausen (Thüringen). Op 7 september 1696 werd hij in Eigenrieden gedoopt. Kort daarvóór moet hij dus geboren zijn. Uit een stuk van mei 1717 blijkt dat Johann Michaëll Schwartzburg orgelbouwer is. Van Johann Michaëll's grootvader is bekend dat die verantwoordelijk was voor de kerk- en dorpsmuziek in Eigenrieden.
Op 21 juli 1724 komt Christian Müller vanuit Amsterdam naar Leeuwarden om zijn ontwerp voor een nieuw orgel in de Grote of Jacobijnerkerk aan het gemeentebestuur voor te leggen. Ruim een jaar later komen hij en zijn echtgenote in Leeuwarden wonen, waar zij zich op 16 december 1725 inschrijven als lidmaten van de evangelisch lutherse gemeente. Op dezelfde datum liet ook Johann Michaëll Schwartzburg zich als lidmaat van die gemeente inschrijven. Vermoedelijk is Schwartzburg vanuit Duitsland rechtstreeks naar Leeuwarden gekomen. Zijn naam komt in het gemeente-archief van Amsterdam niet voor.
Als het orgel in de Jacobijnerkerk in 1727 is voltooid, vertrekt de familie Müller weer naar Amsterdam. Schwartzburg bleef in Leeuwarden, waar hij zich als zelfstandig orgelbouwer vestigde. Op 29 januari 1730 treedt hij er in het huwelijk met Minke Baukes. Het echtpaar kreeg drie kinderen. Van april 1746 tot augustus 1748 was Schwartzburg ouderling van de evangelisch lutherse gemeente in Leeuwarden.
De orgelmakerij Schwartzburg verrichtte vooral in Friesland veel stem- en onderhoudswerk. Zelden werden werkzaamheden buiten de provincie verricht. In Friesland bouwde Schwartzburg vijf nieuwe orgels, waarvan er vier – naast Burgwerd (1735), Wolvega (1733), Waalse Kerk Leeuwarden (1739) en Morra (1740) – bewaard zijn gebleven. Na de dood van Schwartzburg is er geen opvolger en wordt de orgelmakerij plus een orgel te koop aangeboden middels een advertentie in de Oprechte Haerlemse Courant van 26 november 1748. Op 30 november en 3 december 1748 werd de advertentie herhaald. Het te koop aangeboden orgel werd in 1750 aangeschaft door de kerkvoogdij van Bears. In 1880 bouwde L. van Dam er een nieuw orgel, waarin materialen van het Schwartzburgorgel werden verwerkt.

Het orgel wordt momenteel door Flentrop Orgelbouw uit Zaandam gerestaureerd. De oorspronkelijke situatie van het instrument in 1735 zal zoveel mogelijk worden hersteld. Het in 1948 aangebrachte tweede manuaal zal dus worden verwijderd.

Manuaal  Prestant 8, Prestant D 8, Holpijp 8, Octaaf 4, Quint 3, Octaaf 2, Quintfluit 1½, Mixtuur B/D 3 st., Cornet D 3st., Trompet 8

Pedaal  Aangehangen

Werktuiglijke registers  Tremulant, Afsluiter, Windloser

Blijkens opgravingen in de jaren vijftig van de vorige eeuw moet er in de streek rond Bolsward al ruim vóór het begin van onze jaartelling bewoning geweest zijn. In de elfde eeuw kreeg de plaats Bolsward de beschikking over munten, die hier geslagen werden. Door de ligging aan of nabij de Marne en de Middelzee ontwikkelde de zeehandel zich, die ervoor zorgde dat Bolsward zich opwerkte tot de tweede plaats in rangorde in Friesland. Bovendien was Bolsward lid van het Hanzeverbond, waaraan zekere privileges gekoppeld waren.
In 1455 kreeg Bolsward het predikaat "stad". Pater Brugman had bij het opstellen van de stadsrechten een religieuze vinger in de pap. Hij was rond die tijd in Bolsward om de rekkelijken in de Franciscaanse leer weer op het goede pad te brengen: het pad van de soberheid en van de vroomheid. Deze Franciscanen kregen tegen het einde van de dertiende eeuw de beschikking over een stuk grond aan de uiterste rand van een terp, de zgn. handelsterp. Daarop verrees, in gedeelten, een kloostercomplex, inclusief een kloosterkerk.
Deze kerk, de Broerekerk, heeft in het midden van de 16e eeuw een orgel, dat in 1635 door de uit Helmond afkomstige Anthony Verbeeck wordt verbouwd. Van dit orgel - dat in de periode 1893 tot 1943 in de Bolswarder Martinikerk stond - bleven de kassen, de klavieren en frontpijpen bewaard. Zij bevinden zich thans in de Der Aa-kerk van Groningen. De kerk veranderde in 1980 door een brand in een ruïne. Deze ruïne is door een glazen constructie overkapt en wordt op die manier geconserveerd.

Dit is nog het enige overblijfsel van het klooster, dat tot in de zestiende eeuw een belangrijke rol in het geestelijke en maatschappelijke leven van de stad speelde.
In de loop van de vijftiende eeuw bleek een tufstenen kerkje op de oudste terp, de "kerkterp", te klein. Op die plaats verrees de pseudo-basiliek, gewijd aan de heilige Martinus. Deze kerk bepaalt nog steeds het silhouet van de stad. Tegen het einde van de middeleeuwen werd Bolsward van handelsstad meer tot een plaats, die een centrumfunctie ging vervullen voor het omringende platteland: de agrarische producten en het vee werden aangevoerd en verhandeld op markten en in waaggebouwen.
In de periode van 1614 tot 1618 werd een fraai stadhuis gebouwd in het centrum van de stad. Dit renaissance bouwwerk diende niet alleen voor het stadsbestuur, maar rechtspraak en (agrarische) handel vonden er eveneens onderdak.
In de zeventiende eeuw ontwikkelde de stad zich eveneens tot een centrum van cultuur: de Friese dichter Gysbert Japicx en vele zilversmeden, boekdrukkers en andere ambachtslieden konden zich in het culturele klimaat van Bolsward ontwikkelen. Vele gilden werden opgericht en bleven tot aan de Napoleontische tijd bestaan. Daarna kwamen ze, hoewel in een andere vorm, nog terug.Naast de reeds genoemde kerkgebouwen telt Bolsward momenteel nog een doopsgezinde, een rooms-katholieke en een gereformeerde kerk.

Rond 1540 ontstond de eerste protestantse geloofsgemeenschap in Bolsward. Eén van haar eerste leden, Frans Dammasz., werd in 1545 als doperse martelaar in Leeuwarden verbrand. Tussen 1551 en 1565 doopte Leenart Bouwes 86 mensen in Bolsward en omgeving. En sinds1584 komen aan het eind van de Nieuwmarkt, tegen het Bolwerk aan, doopsgezinden bij elkaar. De eerste tijd was een tijd van vervolging door overheid en kerk. Na de reformatie ontstonden verschillende doperse stromingen. In 1657 (zo'n 100 jaar na het eerste begin) telde Bolsward vier verschillende doopsgezinde gemeenten. In 1710 verenigden zij zich.
De doopsgezinden waren ten tijde van 'de republiek' net als de rooms-katholieken, de luthersen en de joden achtergesteld ten opzichte van de gereformeerden (later Nederlandse hervormden genoemd). Tijdens de Bataafse Republiek (1795 – 1806) kwam er gelijkheid voor de verschillende denominaties.
Het doopsgezinde kerkgebouw werd in 1809 vernieuwd en tussen 1848 en 1855 uitgebreid en verfraaid. De voorgevel werd wat meer naar de straat verplaatst en op het dak kwam een torentje. In de jaren 90 van de vorige eeuw is het gebouw totaal gerestaureerd.

Eén van de bekendste doopsgezinden in Bolsward was ongetwijfeld de in Grou geboren Joost Halbertsma. In 1814 werd hij aangesteld als herder en leraar van de Doopsgezinde gemeente Bolsward. Halbertsma diende de gemeente gedurende 7 jaar, een periode die gekenmerkt werd door strubbelingen over zijn traktement.


Daarmee kon de Bolswarder gemeente het doen, of zij wilde of niet. Uiteindelijk nam hij een beroep aan naar Deventer. Toch bleef hij gebonden aan Bolsward, niet in het minst door zijn verering van Gysbert Japicx.

In 1809 werd begonnen met de bouw van een nieuw orgel door de Groninger orgelbouwer Heinrich Hermann Freytag (1759 – 1811). Na het overlijden van Hinsz in 1785 zette Freytag met de oudere F.C. Schnitger jr (1724 – 1799) diens orgelmakerij voort. Op 26 juli 1810 werd het orgel door dominee Menalda gewijd 'voor God en zijnen dienst'. Bij uitzondering maakte Freytag in Bolsward een balustradeorgel met zijkantbespeling. Het front is uniek en de van eikenhout vervaardigde kas is van hoge kwaliteit. In 1851 plaatste de oorspronkelijk uit Bolsward afkomstige Dirk Sjoerds Ypma het orgel in de huidige kerk. Misschien dat de bekronende beeldjes en de vleugelstukken uit dat jaar dateren.
In 1906 zijn er wijzigingen in het orgel aangebracht door de fa. L. van Dam. Onder andere windladen en mechanieken werden veranderd. Bovendien werden er twee registers vervangen. In 1965 werd begonnen met een restauratie. Door ouderdom, slijtage en uitdroging verkeerde het orgel in slechte staat. De windlade lekte en de mechanieken rammelden. De restauratie werd uitgevoerd door Bakker en Timmenga uit Leeuwarden. Het orgel werd in zijn oorspronkelijke dispositie hersteld. Ook het klavier werd teruggebracht in de stijl van Freytag. De technische ingrepen van 1906 bleven gehandhaafd. Met een feestelijk concert op 4 september 1991 door de adviseur Jan Jongepier werd het orgel weer door de gemeente in gebruik genomen. Het klankbeeld is ten opzichte 1810 niet of nauwelijks gewijzigd. Daardoor is dit enige Friese Freytagorgel te beschouwen als een laatste echo van de Schnitger-Hinsztraditie.
De dispositie van het Freytagorgel te Bolsward is te vinden in 'Vijf eeuwen Friese Orgelbouw', bladzijde 179

De Doopsgezinde gemeente Bolsward telt ca. 40 leden. Daarnaast is er nog een groot aantal belangstellenden, waarvan velen actief in de gemeente meedraaien. Bijzonder in deze gemeente is dat de kerkenraad voor het grootste deel bemenst wordt door vrouwen.
Er is een actieve gesprekskring die gedurende het winterseizoen maandelijks bij één van de deelnemers thuis bij elkaar komt. De bijeenkomsten kennen een 'formeel' gedeelte; daarin wordt een onderwerp uit het brede terrein van de levensbeschouwing ingeleid door één van de deelnemers. Daarna volgt een gesprek. De avond wordt informeel afgesloten met een hapje en een drankje. Aan de gemeente is verbonden een koor: Con Amore. Het koor bestaat uit ongeveer 20 leden, zowel doopsgezinden als niet-doopsgezinden. Onder leiding van dirigent Doeke Wiersma wordt elke dinsdagavond gerepeteerd. Regelmatig zijn er optredens in diensten. De Doopsgezinde gemeente Bolsward is aangesloten bij de plaatselijke Raad van Kerken. Ze probeert daaraan op een constructieve manier een steentje bij te dragen.

Bolsward vormde lange tijd een afspiegeling van de religieuze verscheidenheid in Nederland. Zo bestond er tussen 1786 en 1911 in Bolsward ook een joodse gemeente (kille of kehilla). De synagoge stond aan de Kerkstraat. In 1846-1847 bereikte de kille haar grootste omvang: 132 joden op een bevolking van ruim 4500.
Het staat vast dat er in de tweede helft van de 17e eeuw joden in Bolsward waren, maar pas na 1775 ontstaat langzaam een georganiseerde joodse gemeenschap in Bolsward. Het begin van een kille in Bolsward wordt gedateerd 22 maart 1786, toen het Bolswarder stadsbestuur het reglement voor een op te richten kille goedkeurde.
Vanaf het begin beschikte de Bolswarder kille over een synagoge of sjoel. Eerst moet dat een 'noodvoorziening' geweest zijn, geen zelfstandig kerkgebouw. In 1840 werd een nieuwe synagoge aan de Kerkstraat 17 in gebruik genomen. Deze synagoge is te zien op een foto uit omstreeks 1915 van de voormalige Rijksdienst voor de Monumentenzorg én op een tekening van Ids Wiersma, die eveneens de situatie in de Kerkstraat rond 1915 weergeeft.

De nieuwe synagoge leidde tot meer voorzieningen voor de joden. Op de plaats van de oude sjoel kwam een schoollokaal, een woonkamer voor de koster en een badgelegenheid ('mikwe'). In 1887 werd de wetsrol met de vijf boeken van Mozes (de Sefer Tora) hersteld en in 1889 werd de synagoge gerestaureerd, feestelijke momenten in het Bolswarder joodse leven. Van belang voor de joodse gemeenschap was ook een eigen begraafplaats en de cheider, de godsdienstschool. Aan het einde van de negentiende eeuw werd deze weer gesloten.

Op basis van belastinggegevens in 1866 en 1881 kan worden geconcludeerd dat het inkomen van de Bolswarder joden tien procent lager was dan dat van de overige Bolswarders. Er waren ook in die periode wel enkele welgestelde joodse families, maar de meeste Bolswarder joden waren relatief arm.
De joodse gemeente van Bolsward kende een 'Israëlitisch armbestuur'. Dit armbestuur had gedurende de tweede helft van de negentiende eeuw voortdurend een tekort en kon dus niet zonder gemeentelijke aanvulling. Na 1870 ging het beter, maar door de landbouwcrisis van 1890 werden de joden met relatief weinig inkomen hard getroffen en leed een groot aantal joden echte armoede.
Het beroep van koopman kwam onder de Bolswarder joden het meest voor. Veel joodse kooplui hadden een winkel (vaak met manufacturen). Veel van hen trokken de wijde omgeving in om hun waren in de dorpen of op boerderijen te slijten. Hoewel de joden na de omwenteling van 1795 formeel toegang kregen tot overheidsfuncties, bleven zij nog lang traditionele beroepen uitoefenen. In de periode 1810 – 1813 kwamen de beroepen van manufacturier, slager en veehandelaar het meest onder de Bolswarder joden voor. Sommigen waren effectenhandelaar en slechts een enkeling inmiddels ambtenaar. Van een aantal joodse kooplui is bekend dat zij tevens loterijbriefjes voor de vaderlandse loterij verkochten.
Naast de winkel was de weekmarkt voor veel joden van belang. De Bolswarder weekmarkt was op vrijdag. Toen Lodewijk Napoleon in 1808 besloot dat in verband met sabbat weekmarkten niet meer op zaterdag mochten plaatsvinden, werd de Leeuwarder weekmarkt verplaatst van zaterdag naar vrijdag. De Bolswarder weekmarkt ondervond daarvan nadeel en ging in 1809 naar de donderdag.

De neergang van de kille is vooral na 1860 zichtbaar. Het aantal joodse huwelijken loopt sterk terug en in 1911 werd de joodse gemeenschap van Bolsward door de drastische achteruitgang van het ledental opgeheven. In een vijftal andere Friese plaatsen werd de joodse kille eveneens opgeheven. De in Bolsward overgebleven joden moesten voortaan naar de synagoge in Sneek. Het laatste joodse gezin vestigde zich in 1921 te Bolsward. Dit gezin vertrok in 1925 naar Amsterdam. Vader en zoon van dit gezin plus nog 22 andere in Bolsward geboren joden en jodinnen werden in de Tweede Wereldoorlog door de Duitsers vermoord. Al deze joden woonden bij het uitbreken van de oorlog al niet meer in Bolsward.

De synagoge plus bijbehorende grond werd aan een particulier verkocht. In 1939 stond de synagoge op de voorlopige monumentenlijst, maar in 1941 werd de voorgevel afgebroken en twee boogvensters aan de achterzijde werden dichtgemetseld. Ook de inventarisstukken verdwenen. Na de oorlog was het pand in gebruik als opslagplaats en vanaf 1971 was een supermarkt eigenaar van het gebouw. Daarna werd de gemeente eigenaar en die besloot in 1993 tot afbraak van het pand.

In 'De stad was nog jong' beschrijft de in Bolsward geboren predikant Gerrit de Haan zijn persoonlijke herinneringen aan de naoorlogse samenleving van het stadje. In zijn boekje beschrijft De Haan de hervormden, de 'roomsen' en de gereformeerden.
'In de naoorlogse jaren was de zondag een dag van rust. Oma kookte op zaterdag alvast vóór. Er was weinig te beleven. De jeugd verveelde zich. Eerst waren we thuis in de Broerekerk, waar de predikant in de ochtenddienst met luide kanselstem breed uithaalde, terwijl het licht van boven in het kanseldak op zijn kalende hoofd uiteenspatte.
De jeugd klitte bij elkaar in het eerste vak. Wie stoorde of kaart speelde, werd door de hulpkoster persoonlijk uit de bank gehaald en naast hem op het 'strafbankje' gezet. 's Middags was er weer een dienst, waarin de Heidelberger Catechismus aan de fijnproevers werd uitgelegd. Dat waren godsdienstoefeningen in de joodse stijl van het leerhuis. De Broerekerk was een eerbiedwaardige, sombere kerk. Op koude winteravonden kregen we catechisatie bij schaars licht en een loeiende kachel.'
Op 10 mei 1980 brandde de Broerekerk grotendeels af. Het Mart Vermeulenorgel uit 1912 ging daarbij verloren. Het instrument had weliswaar een orgelkas uit 1912 maar bevatte een vrijwel compleet tweeklaviers binnenwerk van de Luikse orgelmaker Graindorge met de datering 1821. Voordat het orgel in 1980 helemaal verloren ging, was in 1977 reeds al het metalen pijpwerk gestolen.
De Grote of Martinikerk werd van 1943 tot 1955 gerestaureerd. Het voormalige orgel van de Broerekerk werd toen uit het koor van de Martinikerk verwijderd. Wat van dit orgel is overgebleven, bevindt zich thans in de Der Aakerk in Groningen.
De 'openbaren' hadden geen kerk, behalve wanneer ze vrijzinnig-hervormd waren. Dan behoorden ze bij 'de Martini'. Het ontbreken van een gemeenschappelijk centrum maakte van de 'openbaren' een minder duidelijke zuil dan de kerkelijke groeperingen. Ik kreeg als jongen het beeld, dat de natuur hun kerk was. In plaats van een kerkdienst werd Moeder Natuur als een uitnodiging tot bezinning gepresenteerd. Bert Garthof ('Weer of geen weer') op zondagochtend leek dat gevoel het beste te vertolken.
Tijdens de restauratie kerkte het vrijzinnige volksdeel van Bolsward in een afgeschotte hoek van de Martinikerk. Na afronding van de restauratie in 1955, toen Bolsward als stad 500 jaar bestond, kerkten zowel de vrijzinnigen als de rechtzinnigen in 'de Martini'. Een soort samen op weg avant la lettre.

Gerrit de Haan schrijft over deze nieuwe situatie: 'Er werd een hoogkerkelijke liturgie ingevoerd, ondersteund door een nieuwe cantorij onder leiding van Gezinus Schrik. Deze leidde als dirigent de 'Martini Cantorij' en liep tijdens de dienst met een typisch dirigentendrafje op en neer tussen het hoofdorgel achterin en de cantorij voorin de kerk. Half glijdend probeerde hij zich onzichtbaar te maken op zijn sluiptochten tijdens de dienst. Gezinus Schrik maakte met de jaarlijkse uitvoering van de Mattheus Passie Bolsward tot het Naarden van het Noorden.
De herinnering aan 'de Martini' is verbonden met welluidende orgelklanken en massale samenzang. Het machtige Hinszorgel strooide royaal zijn klanken uit met veel tremolo en die typisch nasale klank van de orgelbouwer die zo specifiek en herkenbaar is.
De legendarische kosters Doede de Way sr. en jr. eisten met dwingende blik, met ferme tred en gestoken in zwart met hoge hoed de aandacht op, voor zich en voor hun kerk. Orde in Gods Huis! Onvergetelijk blijft, hoe zij met een luide sisklank tot rust maanden aan het begin van de kerkdienst of van de Mattheus Passie.
De predikanten Wouda en Kreb, in vele opzichten elkaars tegenpolen, hebben niet alleen hervormd Bolsward samengevoegd, maar ook de weg geëffend naar nieuwe oecumene in Bolsward. De Grote Kerk was weer de kerk-van-iedereen: Moeke Bolsert.' Van een echte kerkelijke en maatschappelijke doorbraak kwam het na 1945 echter niet. De aloude hervormde kerk had nog lang de pretentie heel het volk te dienen Dat werkte door in de CHU. Ging de doorbraak aan Nederland en Bolsward voorbij, de ontkerkelijking na de zestiger jaren deed dat niet.

Bolsward kende een voor Friesland groot percentage rooms-katholieken: in 1976 was dat 30%. Bolsward werd wel 'het Friese Rome' genoemd, ook vanwege het sinds 1260 of 1270 aanwezige Franciscaner klooster. De Broerekerk hoorde bij dit klooster. Zomer 2003 huisvestte dit nog één Franciscaner pater en drie zusters Franciscanessen. Bolsward was de afgelopen 100 jaar een kweekvijver voor katholiek kader en er waren goede katholieke onderwijsvoorzieningen. De huidige katholieke basisschool Sint Maarten is één van de grootste basisscholen in Fryslân.Er is wel betoogd dat de aanwezigheid in Bolsward van een grote gemeenschap rooms-katholieken wellicht positief geweest is voor de joden als 'andersdenkenden'. De joodse gemeenschap was redelijk goed geïntegreerd in de Bolswarder samenleving, maar zij was te klein om in de plaatselijke politiek een rol van betekenis te kunnen spelen.
Rooms betekende volgens Gerrit de Haan een wereld op zichzelf in de verzuilde stad: 'Er leefden in Bolsward gedurende de twintig jaar direct na de oorlog vormen van oordelen, veroordelingen, van arrogantie en afweer over en weer waarvoor we ons nu zouden schamen'.
Tussen de protestantse en doopsgezinde gemeenten enerzijds en de rooms-katholieke parochie anderzijds bestaan nu echter goede contacten. Twee keer per jaar zijn er gezamenlijke kerkdiensten. Daarmee is het oecumenische elan van de jaren zeventig en tachtig weer wat terug.

Nadat beslist was de twee Bolswarder parochies samen te voegen, werd tevens besloten een nieuwe kerk te bouwen in de plaats van de twee bestaande parochiekerken. Op de plek van de voormalige Sint-Franciscuskerk (Molkenboer, 1846) is naar een ontwerp van architect H.C. van de Leur tussen 1932 en 1934 een nieuwe Sint-Franciscuskerk gebouwd in een strenge baksteenarchitectuur met expressionistische invloeden. Op deze plaats stond vóór de bouw van de Molkenboerkerk in 1846 ook al een klein rooms-katholiek kerkje. Aan de voorgevel van de kerk uit 1932-1934 bevindt zich een beeld van Sint Franciscus.
Een beschrijving van het grote Vermeulenorgel en van het koororgel in de Sint-Franciscuskerk is te vinden in 'Vijf eeuwen Friese orgelbouw' van Jan Jongepier (Leeuwarden, 2004). Naast de kerk bevindt zich het Titus Brandsma Museum, waarmee Bolsward haar positie als katholiek centrum van het Noorden nog meer denkt te benutten. Anno Sjoerd Titus Brandsma (kortweg Titus Brandsma), werd geboren in Ugoklooster nabij Bolsward op 23 februari 1881. Hij was karmelietenpater, hoogleraar, publicist en Nederlands verzetsstrijder tijdens de Tweede Wereldoorlog. Hij werd in 1985 zaligverklaard door paus Johannes Paulus II.
Brandsma speelde een belangrijke rol bij de emancipatie van de katholieken in Friesland en bij de introductie van het Fries in het lesprogramma van het lagere onderwijs in de provincie. Hij ijverde voor een leerstoel in het Fries. Hij was lid van de natuurbeschermingsorganisatie it Fryske Gea en medeoprichter van onder andere de Fryske Akademy. Begin 1939 benoemde koningin Wilhelmina hem tot Ridder in de Orde van de Nederlandse Leeuw.

Tijdens de oorlog verzette hij zich tegen een aantal maatregelen van de Duitse bezetter. Als gevolg daarvan arresteerde de Gestapo pater professor Brandsma begin 1942. Hij kwam uiteindelijk in het beruchte concentratiekamp Dachau terecht. Na enkele weken vol ontberingen en mishandelingen werd hij – altijd al geplaagd door een wankele gezondheid - uitgeput en doodziek in het kamphospitaal opgenomen. Na enkele medische experimenten maakte een kamparts met een dodelijke injectie daar eind juli van dat zelfde jaar een einde aan zijn leven. Na de oorlog kreeg Brandsma postuum het verzetskruis.

Aan de overkant van de stadskade stond en staat de gereformeerde - thans protestantse - Gasthuiskerk, bijgenaamd de Sinaasappelkerk. Deze kerk aan de Gasthuissingel is in 1929 gebouwd nadat in 1924 de Afgescheiden Kerk A te Bolsward en de Nederduits Gereformeerde Kerk B te Bolsward geheel gefuseerd waren. Net als bijvoorbeeld de Stadslaankerk in IJlst werd de Gasthuiskerk ontworpen door architect Ane Nauta (zie Friese Orgelkrant 2009).
In 1835 ontstond in Bolsward een Christelijke Afgescheiden gemeente. Dominee De Cock uit Ulrum was zelf actief bij de stichting van deze gemeente betrokken. In 1841 kreeg deze gemeente haar eerste predikant en in 1849 haar eerste kerkje. Een nieuw kerkgebouw werd in 1866 ingewijd. Vanwege diverse bouwkundige gebreken werd op dezelfde locatie aan de Witherenstraat in 1909 een nieuwe kerk opgetrokken.
De eerste contacten tussen beide kerken ontstonden al in 1887 op initiatief van enkele 'dolerenden'. De dolerenden mochten het kerkgebouw van de afgescheidenen gebruiken. In 1889 namen de dolerenden een eigen kerk in gebruik. In 1891 kreeg de Nederduits Gereformeerde Kerkgemeente in Bolsward haar eerste en enige predikant. Met ingang van 1892 was hij formeel voorganger van de B-Kerk. Deze ontwikkelingen waren voor de Afgescheidenen moeilijk te accepteren. Waarom kozen de dolerenden in Bolsward niet voor aansluiting zoals landelijke veelal plaats vond? Desalniettemin ontstonden tussen 1892, het jaar van de landelijke fusie tot de “Gereformeerde Kerken in Nederland” en 1924 wél vormen van samenwerking maar in Bolsward kwam het pas in 1924 tot een volledige 'ineensmelting' van de A- en de B-gemeente.
Als de predikant van de kerkgemeente B per 1 januari 1928 emeritaat aanvraagt, komen de plannen om het kerkgebouw aan de Witherenstraat te vergroten dan wel een nieuwe kerk te bouwen, in een stroomversnelling. Eind 1927 wordt voor nieuwbouw gekozen. Een geschikt terrein ter rechterzijde van de Gasthuisbrug wordt daartoe aangekocht. Tevens zullen een kosterswoning en de benodigde lokaliteiten bij de nieuwe kerk worden gebouwd. Van de plannen om ook een nieuwe pastorie te bouwen wordt voorlopige afgezien. Het eerste ontwerp voor het nieuwe gebouwencomplex van architect Nauta wordt door de schoonheidscommissie afgekeurd. Er wordt met de hulp van J.R. van der Veen te Amsterdam een aangepast ontwerp gemaakt, dat wordt goedgekeurd. Op 24 juli 1929 werd de nieuwe kerk officieel in gebruik genomen. De A- en B-kerk werden verkocht.

Het protestantse klimaat was volgens Gerrit de Haan tijdens zijn jongensjaren enigszins 'geprikkeld'. Hervormden en gereformeerden werkten weliswaar samen in de voetbalclub, gymnastiekvereniging, het muziekkorps en bij de totstandkoming van het christelijk lyceum Bogerman in Sneek, maar daar hield het dan ook mee op.
In de ogen van de gereformeerden waren de hervormden te laks, te liberaal en te werelds. Omgekeerd koesterden de hervormden enerzijds wel bewondering voor de gereformeerde standvastigheid, maar zij hadden moeite met hun wereldmijding en rigide zondebesef. Het onderlinge klimaat werd verder verpest door een dramatische moordzaak: de koster van de gereformeerde kerk zou zijn vrouw hebben vergiftigd. Dit leverde gesprekstof voor jaren op.
Veelzeggend in dit verband is dat de hervormde jongen Gerrit de Haan tijdens zijn jeugd slechts één keer in de gereformeerde kerk is geweest.

Na de totstandkoming van een federatie tussen de hervormde en gereformeerde gemeenten heeft inmiddels de fusie tot PKN-gemeente plaats gehad. Er zijn nu in Bolsward twee protestantse gemeenten: de Martinikerkgemeente en de Gasthuiskerkgemeente. Deze laatste wil zich als een evangelisch georiënteerde gemeente profileren. De Martinikerkgemeente telde aanvankelijk 1,25 formatie-eenheid aan predikantplaatsen. Na het plotselinge overlijden van de predikant in 2002 nam het predikantenechtpaar Ariesen een beroep aan voor samen 1 formatieplaats. De andere 0,25 formatieplaats werd gecombineerd met een vacature bij de Gasthuiskerkgemeente, zodat gezamenlijk één fulltime predikant kon worden beroepen. Deze predikant heeft vier jaar in Bolsward gestaan en ging in 2008 met studieverlof. Later is hij naar de rooms-katholieke kerk overgestapt. Omdat beide protestantse gemeenten zich in verschillende richting ontwikkelden, werd deze vorm van samenwerking niet gecontinueerd. De daardoor ontstane vacature bij de Martinikerkgemeente van 0,25 formatie-eenheid werd opgevuld door het echtpaar Ariesen. De Martinikerkgemeente en de Gasthuiskerkgemeente werken nog steeds op veel terreinen samen, maar hebben wel elk een eigen identiteit. De Martinikerkgemeente heeft een moeilijke tijd achter de rug, maar is de laatste jaren weer opgebloeid. Het aantal betrokken jonge gezinnen neemt toe. Naast de Martinicantorij is er nu ook een kinderkoor van zo'n 35 kinderen in leeftijd variërend van 4 tot 8 jaar. De Martinikerkgemeente staat op afzienbare termijn een zware klus te wachten. Toren (eigendom van de gemeente Bolsward), kerkdak en het orgel moeten gerestaureerd worden, drie projecten die samen in totaal 1,8 miljoen euro kosten. Bij de orgelrestauratie gaat het om de derde en laatste fase, nadat de eerste twee fasen in 2003 onder advies van Aart Bergwerff werden afgesloten. De derde fase wordt verlaat uitgevoerd vanwege het feit dat de benodigde gelden door de gemeente(raad) Bolsward werden bestemd voor de glazen overkapping van de Broerekerkruïne. Vóór deze restauratiefase in uitvoering wordt genomen, kan de najaarsexcursie van de Stichting Organum Frisicum nog de Martinikerk en het Hinsz-Van Damorgel aandoen.

Bolsward heeft een rijke orgeltraditie. Bekend zijn de concerten die er door de Stichting Orgelconcerten te Arnhem, opgericht in januari 1958, werden georganiseerd. In 1958 vonden incidenteel enkele orgelconcerten plaats, met ingang van 1959 kwam er regelmaat in de concerten. Dat eerste jaar – 1959 – gaven Feike Asma en Piet van Egmond beurtelings om de drie weken een concert en vanaf 1960 was er elke week een orgelconcert. In de jaren daarna trad Feike Asma elk jaar het meest in Bolsward op, Piet van Egmond één of twee keer. Vele orgelliefhebbers bewaren dierbare herinneringen aan deze concerten. Na de dood van Feike Asma, eind 1984, drukte vooral Klaas-Jan Mulder zijn stempel op de Bolswarder orgelconcerten. Naast de organist van de Martinikerk verzorgde en verzorgt veelal een buitenlandse organist eveneens een concert. Lange tijd vond ook het Nationaal Improvisatieconcours op het Hinsz-Van Damorgel in de Martinikerk plaats. Jan Jongepier won het in 1968, Jos van der Kooy in 1978. Nog altijd wordt in Bolsward gedurende de zomermaanden een serie orgelconcerten georganiseerd. De dinsdagavond was en is de vaste concertavond.
Traditioneel voert de plaatselijk Oratorium Vereniging Bolsward elk jaar de Mattheus Passie in de Martinikerk uit. De algehele leiding is in handen van de dirigente van de Bolswarder Oratoriumvereniging, Pauli Yap. Dit jaar vond de uitvoering plaats op 30 en 31 maart. Geïnteresseerden kunnen de website www.ovb-bolsward.nl raadplegen. De Mattheus Passie werd in Bolsward voor het eerst in 1943 onder leiding van Jeanne Gerritsen uitgevoerd (zie de Friese Orgelkrant van 2004). Vanaf 1946 verzorgde de Bolswarder Oratorium Vereniging met haar dirigent, cantororganist Gezinus Anton Schrik, die van 1942 tot 1967 deze functie vervulde, jaarlijks de uitvoering van de Mattheus Passie. Deze cantororganist was ook de initiatiefnemer van het Nationaal Improvisatieconcours.
De Martinikerk heeft een kunsthistorisch bijzonder waardevol interieur. Een prachtige preekstoel, herenbank, koorbanken en diverse grafzerken: allemaal even interessant. Teveel om hier allemaal op te noemen. Gelukkig is er een zeer informatieve website van de Martinikerk, waarnaar we kunnen verwijzen. Een virtueel bezoek aan de Martinikerk middels deze website is beslist een aanrader: www.martinikerkbolsward.nl. Echt de kerk bezoeken en bekijken, blijft natuurlijk het mooist. En dat kan het hele jaar door: de kerk is voor bezichtiging geopend van maandag tot en met vrijdag tussen 14.00 en 16.00 uur. Daarnaast is de kerk in de maanden mei tot en met september ook 's ochtends te bezichtigen van 10.00 tot 12.00 uur. In juli en augustus is de kerk eveneens op zaterdag geopend en wel van 13.30 tot 16.00 uur.
Op de laatstgenoemde site zijn ook de disposities van het koororgel en het grote Hinsz-Van Damorgel te vinden. In de kerk zijn verschillende folders en brochures over de kerk en het orgel aanwezig.