De ouders van Samuel Scheidt behoorden tot de vooraanstaande kringen in de Oostduitse stad Halle. Vader Konrad was aanvankelijk “Hausschenk” op de burcht Giebichstein, hij werd daarna burgemeester en vervolgens “Ratsbierschenk”. Hij trouwde met de dochter van een andere burgemeester. De drie zonen Samuel (gedoopt 3 november 1587, overleden 24 maart 1654), Gottfried (1593-1661) en Christian(geboren 1600, overleden na 1628) werden alledrie organist. Van deze drie is Samuel de belangrijkste. Gottfried werd organist en kapelmeester in Altenburg. Van hem zijn enkele vocale werken bewaard en de variaties voor orgel over “Allein Gott in der Höh’ sei Ehr”, die hij tijdens zijn studie bij Sweelinck samen met zijn leermeester componeerde. Van Christian is alleen bekend, dat hij op 3 plaatsen organist is geweest, we weten niet eens waar en wanneer hij gestorven is. De ouders waren bevriend met enkele organisten, waaronder de als orgelbouwer bekend geworden H. Compenius (der Jüngere).

In 1603 is de jonge Samuel al organist aan de Moritzkerk. In 1607 en 1608 verblijft hij bij Sweelinck in Amsterdam. Ook hij schrijft samen met zijn leermeester een reeks variaties en wel over de bekende Paduana Hispanica. Als hij in 1609 naar zijn geboortestad terugkeert, wordt hij organist van de Magdalenakapel op de Moritzburg (eveneens in Halle), de residentie van markgraaf Christian Wilhelm van Brandenburg, die administrateur van het Erzstift Magdeburg is. Tevens doet hij dienst “bei Tisch und bei der Tafel”. In 1615 wordt Michael Praetorius hofkapelmeester “Vom Haus aus” in Halle. Vermoedelijk heeft Praetorius een aantal composities aan het hof geleverd, zonder dat hij in Halle moest wonen. In 1619 wordt Scheidt Hofkapelmeister, de kapel bestaat uit professionele zangers en instrumentalisten, waarbij voor de kerkdiensten ook nog leerlingen van het stedelijk gymnasium meewerken. Tussen 1620 en 1627 verschijnen een aantal banden met vokale en instrumentale muziek in druk. In 1624/25 bouwt Compenius onder supervisie van Scheidt een nieuw orgel voor de Moritzkerk.
Helaas heeft de in 1618 uitgebroken Dertigjarige Oorlog ook voor Scheidt gevolgen. De markgraaf vlucht in 1625 voor de troepen van Wallenstein. Halle wil de beroemde musicus graag voor de stad behouden en benoemt hem in mei 1628 tot “Director Musices”. Scheidt hervormt in korte tijd de “Stadtpfeiferei”, zorgt voor nieuwe instrumenten en muziek en reorganiseert het figurale koor van het gymnasium. In de hoofdkerk “St. Marien” wordt de nieuwe concerterende stijl in de kerkmuziek ingevoerd. Dan ontstaan er hooglopende conflicten met de rector van de school, volgens het schoolreglement is de cantor de ondergeschikte van de rector. Scheidt is niet in dienst van de school en meent, dat hij als Director Musices geen ondergeschikte van de rector is. Wie denkt nu niet even aan de problemen van Bach in Leipzig? De raad der stad kiest partij voor de rector en na twee jaar is Scheidt zijn fraaie functie al weer kwijt. Tengevolge van de oorlog is niet alleen de stad geruïneerd, Scheidt is een groot deel van zijn vermogen kwijt geraakt. In 1627 is hij in het huwelijk getreden. Zeven kinderen worden er geboren, maar daarvan sterven er in 1636 vier aan de gevolgen van de pest. Vanaf 1638 laat de nieuwe markgraaf zich regelmatig in Halle zien, maar het duurt tot 1642 voor hij zich daar definitief vestigt. Langzamerhand wordt de sterk gereduceerde kapel weer opgebouwd. Na 1644 vinden er weer regelmatig diensten voor het hof plaats, nu in de Dom.
Scheidt maakte als orgeldeskundige verschillende reizen, maar bleef zijn hele leven in zijn geboortestad wonen. Tijdens zijn leven verschenen zijn meeste werken in druk. Bewaard zijn 700 composities, waarvan de helft vocaal (en dus de andere helft instrumentaal!) Wereldlijk zijn te noemen 30 orgelstukken, 80 orkestwerken en 70 Sinfonien. Van de vokale muziek is 2/3 deel gebaseerd op kerkliederen, de rest op bijbelse of liturgische teksten – waaronder 4 Missen en 10 Magnificats. In het begin werden zijn geestelijke composities vooral bepaald door de nog hoofdzakelijk Latijnse diensten, na 1624 zijn steeds vaker Duitse liederen het uitganspunt. Tussen 1621 en 1630 verschijnen er meerdere banden met “Geistliche Konzerte”.
Scheidt had diverse leerlingen, die op vaak belangrijke organistenposten terecht kwamen. Daarvan zijn het meest bekend geworden zijn beide broers en Adam Krieger.

Hoewel er wat losse stukken in handschrift bewaard zijn, zijn de belangrijkste orgelwerken door Scheidt zelf uitgegeven. In 1624 verschenen de drie delen van de TABALATURA NOVA. In de beide eerste delen komen zowel geestelijke als wereldlijke werken voor, in het derde deel alleen geestelijke. Het is een soort compendium van orgelmuziek voor de Lutherse organist. De inhoudsopgave vermeldt o.a. 12 kanons, 2 stukken voor dubbelpedaal, enkele fuga’s, 2 echostukken en 26 meerdelige geestelijke werken (Cantio Sacra, Psalmus, Hymnus, Magnificat). Daarvan zijn vooral de cycli over Duitse en Latijnse kerkliederen van belang en bruikbaar voor onze tijd.

De koraalmelodie komt meestal in onversierde vorm voor (vergelijk de vaak gecoloreerde cantus firmus bij naar het aantal stemmen in de afzonderlijke verzen van een cyclus, dan vindt men veelal de opbouw 4 – 3 – 2 – 3 – 4, waarbij elke groep uit meer dan één vers kan bestaan. Het losse “Credo” uit het 3e deel is een 4-stemmige bewerking van “Wir glauben all” en zou wel eens het slotstuk kunnen zijn van het allereerste stuk uit deel 1, dat bestaat uit 4 verzen over dezelfde melodie, waarvan het aantal stemmen 4 – 2 – 3 – 3 is. Het bicinium is vaak geschreven in dubbel contrapunt, dat wil zeggen: na één regel worden de beide stemmen herhaald, waarbij de onderstem bovenstem wordt en omgekeerd.
In 1650 verscheen “TABULATUR - BUCH HUNDERT CHRISTLICHER LIEDER UND PSALMEN”, het zgn. “GOERLITZER TABULATURBUCH” naar de plaats waar het gedrukt werd. Het zijn 100 zettingen van bekende koralen voor orgel zonder pedaal met de melodie in de bovenstem, waarbij de middenstemmen een sterkere beweging en meer zelfstandige stemvoering hebben dan bij de gebruikelijke koorzettingen. Ze zijn eenvoudig maar zeer aantrekkelijk om te spelen en kunnen zowel als zelfstandig kort orgelstuk of als inleiding tot een ingewikkelder bewerking van een andere componist worden gebruikt.

Scheidt gaf zijn werk in partituurvorm op vier balken uit. Wie een bepaald stuk wilde spelen, moest eerst een arrangement voor eigen gebruik maken. In 1892 verscheen de eerste moderne uitgave in de serie “DENKMAELER DEUTSCHER TONKUNST’, waarin alles op twee balken werd genoteerd. Als de cantus firmus in de sopraan, alt of tenor lag en de speler wilde die cantus firmus op het pedaal spelen – zoals Scheidt dat deed – dan was dat een ingewikkelde opgave.
Een tweede complete uitgave verscheen in 1966 bij Ugrino Verlag. In deze uitgave en ook in een bloemlezing die bij Ed. Peters verscheen, werden de pedaliterstukken op drie balken genoteerd, waarbij de speler praktisch gedwongen was de verdeling over handen en voeten te gebruiken, die de uitgever had gekozen. Vaak is een andere keuze mogelijk of beter. Ideaal is de enkele jaren geleden onder supervisie van Harald Vogel verschenen uitgave, waarbij in voorkomende gevallen meerdere mogelijkheden zijn gegeven. Bovendien bevat deze uitgave een aantal belangrijke artikelen over de bij deze muziek passende speelwijze (articulatie, vingerzetting, registratie).

Zo noteerde Scheidt ‘Vater unser’, vers 2 (de bovenstem is dan ook nog in de sopraansleutel).

Zo stond het in de ‘Dankmaler’-editie.

Zo wordt het gespeeld. Eventueel kan de tweede balk in het pedaal worden gespeeld en de melodie met de linkerhand.

Gezien de harmonische structuur en de tijd van ontstaan van Scheidt’s muziek , kan de stemming nauwelijks iets anders geweest zijn dan middentoonstemming (Zie de Friese orgelkant van 2003: de boventoetsen in een normaal octaaf hebben als functie cis, es, fis, gis en bes en kunnen niet als des, dis, ges, as of aïs gebruikt worden). Des, ges, as of aïs komen inderdaad niet voor. Als in een stuk een es voorkomt – dit is vaak het geval – heeft dat stuk geen dis. Een beperkt aantal stukken heeft een dis, maar dan komt de es niet voor. De betreffende stukken kunnen niet voor klavecimbel bedoeld zijn (dan stem je de betreffende snaar om). Het orgel waaraan Scheidt gedacht heeft bij het componeren moet dus een dubbele boventoets es/dis hebben gehad.
Het onderste octaaf van Scheidt’s orgel moet wel het in die tijd gebruikelijke kort octaaf zijn geweest. Het lijkt dan of het klavier bij E begint, maar die E klinkt als C, de Fis klinkt als D, de Gis klinkt als E. Door deze aanleg werd het materiaal en de plaats voor 4 grote pijpen per register bespaard (de betreffende tonen werden toch niet gebruikt). Bovendien boden de manualen – die in de hoogte tot c’’’ gingen - een fraaie symmetrische aanblik. De grote grepen, die soms in de linkerhand voorkomen, zijn alleen manualiter te spelen, als het orgel over een dergelijke klaviervorm beschikt. Nu komen in het onderste octaaf bij Scheidt regelmatig Fis en Gis voor. Bij het orgel waarvoor hij schreef, zal het onderste octaaf dus geen normaal kort octaaf, maar een zgn. gebroken octaaf zijn geweest met dubbele boventoetsen Fis/D, Gis/E. Bij Scheidt is de cantus firmus meestal onversierd in lange noten weergegeven. Het pedaal had vooral de functie van cantus-firmusklavier, ook als die melodie in de sopraan, de alt of de tenor lag. In de tijdens zijn leven verschenen uitgave geeft hij zelf de registraties daarvoor aan. In die gevallen, waarin de linkerhand alleen de baspartij te spelen heeft, kan man dan het daarvoor gebruikte manuaal op 16’-basis registreren.