In de tweede helft van het jaar 2000 werd de restauratie van het orgel uitgevoerd. Windlade, klavier, pedaalklavier en mechanieken werden in de werkplaats van de restaurateur onder handen genomen. Daarna werden alle onderdelen weer ingebouwd en werd het pijpwerk, dat in de kerk opgeslagen was achtergebleven, weer herplaatst en gestemd. Deze restauratie was een hele gebeurtenis in het 112-jarig bestaan van het orgel. Nooit eerder was er zo'n ingrijpend herstel aan het instrument uitgevoerd.

In 1889 werd het orgel, het eerste in de kerk van Wyns, gebouwd door de orgelmakers Bakker & Timmenga uit Leeuwarden. Deze firma heeft het orgel onafgebroken onderhouden, en heeft het nu dan ook gerestaureerd. Het kerkje van Wyns is klein van afmetingen. Het orgel kon dan ook niet groot worden, maar dat zal ook wel met de financiële middelen van de kerkvoogden samengehangen hebben. Voor 800 gulden leverden de orgelmakers een éénklaviers orgel met vijf registers, terwijl voor een zesde register plaats gereserveerd was. Een deel van de bouwsom mocht op afbetaling voldaan worden. Opvallend is, dat het zesde, gereserveerde register, bij oplevering gelijk geplaatst werd, en nog wel zonder verhoging van kosten! Met dat register, de Fluit 4 voet, is wat bijzonders aan de hand. Onderzoek heeft uitgewezen, dat de pijpen hiervan niet uit 1889 dateren, maar meer dan honderd jaar ouder zijn. Ook kon precies worden getraceerd, waar deze waardevolle pijpen hun oorsprong hadden. Uit de kenmerken van de makelij en de toegepaste schrijfwijze van de toonnamen bleek zonneklaar dat deze pijpen van Johannes Stephanus Strumphler waren. Het zijn pijpen van een Roerquint 3 voet die, verschoven en aangevuld, in Wyns als Roerfluit 4 voet fungeren.

Nu was Fokke Bakker, één van de makers van het orgel, zelf (assistent-)organist van de Doopsgezinde kerk te Leeuwarden. In 1883 had hij dit orgel voorzien van een voor die tijd modern register, dat erg geliefd was bij de heren Bakker en Timmenga, een Fluit harmoniek 4 voet. Het register dat daar toen voor wijken moest, was een Quintfluit 3 voet, wat in werkelijkheid de uit 1786 stammende Roerquint 3 voet was. Zes jaar lang hebben de pijpen van Strumphler dus op de zolder in opslag gelegen, waarna ze een nieuw leven begonnen in de kerk van Wyns!
Door zo'n 'petite histoire' krijgt het orgel van Wyns toch nog een extra dimensie, hoe klein het ook is. Het getuigt van de goede smaak en het vakmanschap van de makers, en het is weer herboren dankzij het vakmanschap van de restaurateurs. Nog steeds speelt het orgel zonder electrische windmachine. Bij het ingebruiknemingsconcert en de daaraan verbonden repetities heeft de vaste 'poestertrapper' van het dorp het orgel trouw en geduldig gepompt. Ook dat past bij de serene sfeer van het minuscule Romaanse kerkje in dit prachtig gelegen dorp.