Voor het kopen, het verkopen, het laten bouwen of verbouwen, het veranderen of uitbreiden en ook voor het afbreken van een orgel in een Hervormde kerk is het voorafgaande advies van de Hervormde Orgelcommissie nodig.
Deze orgelcommissie bestaat uit vijf leden, benoemd door de generale synode. Net als de bouw- en restauratiecommissie verricht de orgelcommissie haar werk in verantwoording aan het generaal college van toezicht. De orgelcommissie is een ambtelijke commissie van de Hervormde Kerk, het eigenlijke werk wordt gedaan door de door de commissie benoemde deskundigen, te weten de gecommitteerde voor orgelzaken en de adviseurs.
Wanneer bij de orgelcommissie een adviesaanvraag binnenkomt, zal als regel een onderzoek ter plaatse nodig zijn. Dit wordt verricht door de gecommitteerde voor orgelzaken (momenteel Aart van Beek). Deze legt zijn bevindingen vast in een Voorlopig Rapport. Dit rapport kan gebruikt worden voor het verkrijgen van de benodigde toestemming van de provinciale kerkvoogdijcommissie. Als de kerkvoogdij vervolgens een opdracht aan een orgelmaker wil geven, stelt zij in overleg met de orgelcommissie een ervaren orgeladviseur aan. Deze maakt een uitvoerig rapport, dat als basis kan dienen voor het aanvragen van offertes. Hij helpt bij het beoordelen van binnengekomen offertes en het maken van een keuze. Bij de restauratie van een monumentaal orgel doet de adviseur het benodigde archiefonderzoek en helpt bij het aanvragen van subsidies. Zijn rapport dient ook om bij de provinciale kerkvoogdijcommissie toestemming te vragen voor het geven van een opdracht aan een orgelbouwer. Net als voor alle grotere financiële transacties, is voor het geven van een opdracht aan een orgelbouwer de toestemming van de provinciale kerkvoogdijcommissie nodig.
De adviseur houdt namens de kerkvoogdij toezicht op de werkzaamheden van de orgelbouwer. Bij verschil van inzicht tussen adviseur en opdrachtgever en ook bij moeilijkheden in de relationele sfeer bemiddelt de orgelcommissie. De adviseur schrijft een keuringsrapport nadat de orgelbouwer klaar is. Zo nodig verricht de orgelcommissie zelf een eindkeuring, waarvan de uitkomst schriftelijk wordt vastgelegd.
Kosten:
a. Voorlopig rapport: fl. 500,-
b. Honorarium adviseur: 4% van de bouwsom of het herstelbedrag, plus eventuele porto-, telefoon, reis- en verblijfskosten. Als er sprake is van zeer uitgebreid historisch onderzoek of van veel advieswerk bij relatief lage orgelmakerskosten, kan er een aparte regeling worden getroffen. Dit geldt ook, als het werk uiteindelijk niet tot uitvoering komt.
c. De vergoeding van de orgelcommissie (voor bemiddeling en administratie) is 1 %van de bouwsom of het herstelbedrag.

Sinds 1875 is monumentenzorg een overheidstaak. Sindsdien gaven rijk, provincie en gemeente onder bepaalde voorwaarden (o.a. zekerheid in zake toekomstig onderhoud) subsidie voor restauraties. De kroon had vernietigingsrecht ten aanzien van besluiten van provincie of gemeente. De overheden hadden echter geen mogelijkheid tot ingrijpen, als een eigenaar zijn monument niet in stand wilde houden of ging slopen. Op 21 mei 1940 vaardigde de Opperbevelhebber van de Land- en Zeemacht een noodmaatregel uit, waarbij slopen of veranderen van een monument alleen mocht plaatsvinden na voorafgaande toestemming van de Rijkscommissie voor de Monumentenzorg. Deze maatregel werd bestendigd bij het Koninklijk Besluit inzake de Wederopbouw van 7 mei 1945. Na een tijdelijke Wet op de Monumentenzorg kwam in 1961 de Monumentenwet tot stand. Hierbij werd de bijzondere positie van kerkelijke monumenten erkend. Nadat de MONUMENTENWET 1988 van kracht werd, werd de monumentenzorg meer gedecentraliseerd. Uit deze wet zijn i.v.m. orgels de volgende punten van belang:
1. Het is verboden zonder vergunning een beschermd monument af te breken, te verplaatsen of te wijzigen. Het is evenzeer verboden een beschermd monument te herstellen, te gebruiken of te laten gebruiken op een wijze, waardoor het in gevaar wordt gebracht (artikel 11).
Vergunningen tot wijziging of afbraak, evenals subsidies voor restauratie en onderhoud dienen te worden aangevraagd bij B en W, die ook de beslissingsbevoegdheid hebben. (Slechts in speciale gevallen ligt de beslissingsbevoegdheid bij de minister van WVc.)
2. Elke gemeente dient een adviescommissie voor de monumentenzorg te hebben.
3. De minister kan uitkeringen verstrekken ten behoeve van restauratie en onderhoud.
4. Over kerkelijke monumenten beslist de overheid na overleg met de eigenaar. Als wezenlijke belangen van de godsdienstuitoefening in het geding zijn, wordt er besloten in overeenstemming met de eigenaar ( artikel 18).
Een orgel kan alleen beschermd worden, als het in een beschermde kerk staat. Daarom wordt soms een minder interessante kerk toch op de monumentenlijst geplaatst. Afbraak en opslag van het op de monumentenlijst staande orgel in de Doopsgezinde kerk te Harlingen was mogelijk, omdat de kerk niet op de monumentenlijst stond.
In de Rijksdienst voor de Monumentenzorg (gevestigd in Zeist) zijn schaarse specialismen op landelijk niveau bijeengebracht. Voor een verantwoorde waardestelling op lokaal niveau ontbreekt in het overgrote deel van de gemeenten de deskundigheid. Van de Rijksdienst voor de Monumentenzorg maakt de Rijksorgeladviseur Rudi van Straten deel uit. Diens voorganger, 0nno B. Wiersma, is thans adjunct-directeur van de Rijksdienst. De taken van de Rijksadviseur zijn gedeeltelijk administratief. Als een kerkenraad plaatsing op de Monumentenlijst vraagt (aantrekkelijk, want niet alleen restauratie, maar ook onderhoud - w.o. de jaarlijkse stemming - is subsidiabel) en de aangevoerde gegevens zijn onvoldoende, dan doet de Rijksadviseur zelf ter plaatse onderzoek. Een belangrijk deel van zijn taak is het verzamelen en verspreiden van informatie. Bij restauraties wordt veel ontdekt over bouw, pijpfactuur enz. Verzamelen en verspreiden van deze kennis is van voordeel bij volgende projecten.

In de Gereformeerde Kerken wordt veel advieswerk gedaan door de orgeladviescommissie van de GOV. Momenteel zijn er besprekingen gaande om tot één S0W-orgelcommissie te komen. In de rooms-katholieke kerk werkt de Katholieke Klokken- en Orgelraad. Als een kerkgenootschap zelf niet over deskundige orgeladviseurs beschikt, wordt er een adviseur aangetrokken in overleg met de Rijksadviseur. Aan een door de Hervormde-Orgelcommissie aangetrokken adviseur worden hoge eisen gesteld. Hij dient grote kennis te bezitten op het gebied van de orgelbouw, zowel praktisch als historisch en over een grote ervaring te beschikken in het bespelen van de meest uiteenlopende orgels. Als een orgel pijpwerk van verschillende bouwers bevat, zal hij bijvoorbeeld moeten kunnen zien welk pijpwerk van welke bouwer afkomstig is. Hij moet kunnen aangeven, welke maatregelen nodig zijn om de klank van een register te verbeteren en hoe b.v. het toucher verbeterd kan worden, maar ook wat voor nadelige gevolgen bepaalde maatregelen kunnen hebben. In tegenstelling tot wat de laatste tijd hier en daar gesuggereerd wordt, moeten we constateren dat de beloning van adviseurs vaak te laag is. De kreten over ongecontroleerde zakkenvullerij in het Katholiek Nieuwsblad van 24 november 2000 zijn ten enenmale onwaar! Het is onbegrijpelijk, dat een werknemer van een orgelbouwbedrijf zoiets beweert, het is antireclame voor zijn eigen bedrijf. Bij een orgel van 16 registers, dat in de loop der eeuwen nogal was toegetakeld, kostte het nameten en beschrijven van het pijpwerk alleen al 80 uren.